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标题: Counterpoise计算相互作用能的疑问 [打印本页]

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-14 15:02
标题: Counterpoise计算相互作用能的疑问
大家好：

请教一个Counterpoise计算BSSE相互作用能的问题。我的体系是一个血红素加上下两个配体（六配位模型）。所以我一共设置了三个fragment，分别是血红素、血红素一侧配体1和血红素另一侧配体2.使用Counterpoise计算相互作用能得到如下结果：
Counterpoise corrected energy = -1760.904052702683
               BSSE energy =    0.017740877260
            sum of monomers = -1760.839482246357
         complexation energy =    -51.65 kcal/mole (raw)
         complexation energy =    -40.52 kcal/mole (corrected)
我的疑问是最后两项的“ complexation energy”是不是配位作用能？是两个配体与血红素的配位作用能之和吗？那如果只想计算其中一个配体与血红素的相互作用能（同样也是六配位模型）改如何设置？

谢谢大家！

作者
Author: 1130240115 时间: 2016-9-14 16:51
可以看一下的这个帖子：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =720&highlight=BSSE

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-14 16:52
是总相互作用能，不能单独提取“配位作用”

是“两个配体与血红素的配位作用能”，不是其“之和”，没那么简单。
只计算一个要考虑你的零点是什么。例如将配合物表示为MAB，那么A与M的结合能可以是A+M-->MA；也可以是MB+A-->MAB；通常后者数值会小一些，看你要研究什么

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-14 17:06
计算配体1与血红素+配体2的相互作用就把配体1作为片段1，配体2和血红素作为片段2
计算配体1与血红素的相互作用就把配体1作为片段1，配体2作为片段2

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-14 19:05

sobereva 发表于 2016-9-14 17:06
计算配体1与血红素+配体2的相互作用就把配体1作为片段1，配体2和血红素作为片段2
计算配体1与血红素的相互 ...

谢谢sob老师，我看了其它相关帖子，原来这个complexation不是单指配位，应该就是指相互作用能，不知道我的理解对不对。

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-14 19:06

liyuanhe211 发表于 2016-9-14 16:52
是总相互作用能，不能单独提取“配位作用”

是“两个配体与血红素的配位作用能”，不是其“之和”，没那 ...

谢谢！

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-14 19:06

1130240115 发表于 2016-9-14 16:51
可以看一下的这个帖子：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =720&highlight=BSSE

O(∩_∩)O谢谢

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-14 19:41

liyuanhe211 发表于 2016-9-14 16:52
是总相互作用能，不能单独提取“配位作用”

是“两个配体与血红素的配位作用能”，不是其“之和”，没那 ...

那老师您的意思是不是假设我是计算的蛋白复合物中小分子及其周边残基的相互作用的话，那这里的complexation energy就是这个体系总的相互作用能，包括小分子与氨基酸残基，各氨基酸残基之间的总相互作用,可以这样理解吗？谢谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-14 22:27

zycz138 发表于 2016-9-14 19:41
那老师您的意思是不是假设我是计算的蛋白复合物中小分子及其周边残基的相互作用的话，那这里的complexati ...

包括你想到和没想到的所有相互作用。。。

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-15 10:13

liyuanhe211 发表于 2016-9-14 22:27
包括你想到和没想到的所有相互作用。。。

好的，谢谢您，也祝您中秋快乐！

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-19 14:41
本帖最后由 zycz138 于 2016-9-19 15:41 编辑

sobereva 发表于 2016-9-14 17:06
计算配体1与血红素+配体2的相互作用就把配体1作为片段1，配体2和血红素作为片段2
计算配体1与血红素的相互 ...

sob老师您好！请教您个问题。如果我要计算片段1对血红素的相互作用，能不能用counterpoise来计算，有无必要加DFT-D3校正？在这里片段1是与血红素的Fe配位（配位键应该比非键相互作用要强很多但又弱于共价键，还是否属于弱相互作用范畴），是不是就不能这样算了。如果我要计算配位相互作用能的话应该如何算更准确？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-19 20:53

zycz138 发表于 2016-9-19 14:41
sob老师您好！请教您个问题。如果我要计算片段1对血红素的相互作用，能不能用counterpoise来计算，有无必 ...

counterposie牵扯的是基组，D3校正校正的是理论方法，完全没直接联系
用不用非得加D3显然看你原本用的方法对弱相互作用描述得好坏
counterpoise是对算相互作用过程中对BSSE问题进行校正，本身不是算相互作用的方法。应该说“计算相互作用时，用不用通过counterpoise方式考虑BSSE问题”。是否需要考虑看你对结果要求的精度和基组是否有充分的弥散函数。

什么级别合适这里有详述
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

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