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标题: gromacs在服务器上运行出现问题 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-10-24 09:29
标题: gromacs在服务器上运行出现问题
各位老师好，我在自己的linux上做好了进行gromacs所需的文件并进行了预模拟，都是可以正常运行的，但我将其放入服务器上之后却出现报错，请问是什么原因（上传了lsf文件和报错的信息）

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-24 12:18
可能是你在自己的电脑上运行的时候指定的-nt比较小。
如果没有特别的要求，不需要指定-dd和-dlb，让程序自动处理即可。
指定-dd的情况下，-nt越大，cell size会越小，所以会导致出现这个问题。

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-10-24 13:23

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-24 12:18
可能是你在自己的电脑上运行的时候指定的-nt比较小。
如果没有特别的要求，不需要指定-dd和-dlb，让程序自 ...

您好，谢谢您的回复，但如果我不指定dd和dlb的话会出现这样的报错C:\Users\zlwan\Pictures\Saved Pictures\B231CDF7D0B6E47C6F59DD93E4E10632请问这是什么原因呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-24 13:45

wanzongliang 发表于 2023-10-24 13:23
您好，谢谢您的回复，但如果我不指定dd和dlb的话会出现这样的报错请问这是什么原因呢

这可能是因为你的体系太小了，无法做非常细的域分解，也就不能指定太大的-ntmpi，可以尝试减小-ntmpi，或者模拟更大的体系。
参考：http://bbs.keinsci.com/thread-30581-1-1.html

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-10-24 17:49

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-24 13:45
这可能是因为你的体系太小了，无法做非常细的域分解，也就不能指定太大的-ntmpi，可以尝试减小-ntmpi，或 ...

明白了万分感谢

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-10-25 14:00

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-24 13:45
这可能是因为你的体系太小了，无法做非常细的域分解，也就不能指定太大的-ntmpi，可以尝试减小-ntmpi，或 ...

您好，很抱歉再次打扰，昨天根据您给的方法顺利运行跑了一亿步之后系统又出现报错，报错如图，请问您知道这是什么原因吗

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-25 19:45

wanzongliang 发表于 2023-10-25 14:00
您好，很抱歉再次打扰，昨天根据您给的方法顺利运行跑了一亿步之后系统又出现报错，报错如图，请问您知道 ...

这种报错应该是体系崩溃了，具体原因可能有很多，建议参考：http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-10-27 15:21

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-25 19:45
这种报错应该是体系崩溃了，具体原因可能有很多，建议参考：http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

确实是体系有问题，已修改，万分感谢

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