标题: 求助：使用semiisotropic对聚合物压缩，被冻结的水墙也被压缩后模拟崩溃 [打印本页] 作者Author: karmie 时间: 2023-10-24 10:37 标题: 求助：使用semiisotropic对聚合物压缩，被冻结的水墙也被压缩后模拟崩溃 力场使用的是AMBER14sb-OL15 + beta-glucose GLYCAM06h，gromacs版本为2019.6。
想通过上下两层结晶纤维素CC压缩中间层的非晶纤维素AC，获得CC/AC/CC的一个三层结构，试过不加水墙，无法获得想要的结构。
将水冻结后，在压缩时，水也被压缩，且AC层密度也远不能达到我想要的，再继续压缩就出现报错。
1.请问如何能做到只让上下两层结晶纤维素CC向下压缩，而冻结的水不动呢?以下为文献原文：
the forces applied on the atoms of water and the CC regions were set to 0, with atoms only given velocities in the CC layer.
2.施加在某一部分上的力设置为0，将电荷修改为0可以做到嘛？仅给一部分施加初速度是手动在.gro文件中添加速度信息嘛？
mdp文件：
pcoupl = berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau-p = 1.0
compressibility = 1.0e-5 0
ref-p = 1.01325 1.01325
deform = 0 0 -0.08 0 0 0
nstpcouple = -1
refcoord-scaling = com
文献结构压缩快照： (, 下载次数 Times of downloads: 15)