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标题: LAMMPS喷丸过程使用BNCH.ILP势函数报错 [打印本页]

作者
Author: ay6yt 时间: 2023-10-24 18:31
标题: LAMMPS喷丸过程使用BNCH.ILP势函数报错
本人使用win10，LAMMPS 64-bit 15Sep2022，在进行喷丸冲击双层石墨烯的时候想采用ILP电势描述石墨烯层间的相互作用，结果发生错误“ There are too many neighbors for some atoms, please check your configuration(src/INTERLAYER/pair_ilp_graphene_hbn.cpp:692)”。通过搜索，有一些文章说调整 neigh_modify page 的大小，于是我只有把neigh_modify delay 10 check yes page 1000000000 one 100000000调到这个级别的时候，才不会出现上述报错，但是程序只是空运行没有结果。当我不用ILP势描述，改为用IJ势描述的时候，程序能正常运行，问题可能就在于ILP势，但不知道该如何设置才是对的。另外还有一个问题想请问各位老师、大神们，就是以前在机组上可以通过“ variable ktotal equal "pe" ”和“ fix def1 all print 100 "${pe} " file pall-${File}.dat screen no ”输出dat文件用于画图，现在换了这个电脑后会发生此类报错“ Thermo keyword pe in variable requires thermo to use/init potential energy ”，不知是何原因，恳请老师、大神们解答！！
in文件如下：
variable File string gr0.7-0-30A #data.File.cfg文件的文件名，为读data文件做准备
log log.${File}-unfix.lammps #写日志文件

clear
units metal
dimension 3
boundary p p f #周期性边界条件p和固定边界条件f
atom_style full
atom_modify map array

region box block -60 60 -60 60 -60 100 units box #在读data之前先定义盒子，这么做可以在下一步，增加模拟的原子类型，而非仅data里的原子类型
create_box 3 box #确定区域box为模拟盒子，并且里面有2类原子
read_data data.${File}.cfg add merge #读取data文件，并且将data文件里的原子类型列表和之前设定的原子列表合并，即之前设定的原子类型数大于等于data里的

...（此处省略定义金刚石和双层石墨烯区域和原子类型的代码）
set group upper type 1    #上层石墨烯
set group lower type 2    #下层石墨烯
set group ball type 3    #金刚石
mass 1 12 #Cup
mass 2 12 #Clo
mass 3 12 #Cball

pair_style hybrid/overlay airebo 2.0  airebo 2.0 airebo 2.0 ilp/graphene/hbn 6 lj/cut 10 #为模型设置多种势，自适应分子间反应经验键序（AIREBO）势及其参数和lj/cut势及其截断半径  ,overlay的话，后续coeff不会覆盖之前的力场，而是叠加
#pair_style hybrid/overlay airebo 2.0  airebo 2.0 airebo 2.0 lj/cut 10
#pair_style airebo 2.0 #若只设airebo势
pair_coeff * * airebo 1 CH.airebo C NULL NULL
pair_coeff * * airebo 2 CH.airebo NULL C NULL
pair_coeff * * airebo 3 CH.airebo NULL NULL C
#每种原子类型之间都有airebo势，势文件为CH.airebo，后面参数为原子类型映射，只能填势文件里携带的元素名称或“NULL”，顺序对应type顺序
#若后面是“NULL C”则仅代表type2与type2之间存在该势。因为使用了“*”，所以后面的空位数量一定等于type数
pair_coeff  * * ilp/graphene/hbn BNCH.ILP C C C
#pair_coeff 1 2 lj/cut 0.02 3.4 #再次pair_coeff将覆盖之前设的势，这里覆盖1、2类型原子的势函数为lj势
pair_coeff 1 3 lj/cut 0.02 3.4
pair_coeff 2 3 lj/cut 0.02 3.4
neighbor 2 bin
#neigh_modify page 10000
neigh_modify delay 10 check yes #page 1000000000 one 100000000

delete_atoms overlap 0.5 all all
fix 003 ball setforce 0 0 0

reset_timestep 0
fix 1 all nve
fix 002 boundary setforce 0 0 0#对bot组内原子创建完全固定的系综

velocity ball set 0 0 -50 units box #对ball组原子施加速度
#variable pteng equal "pe"
#fix def1 all print 100 "${pe} " file pall-${File}.dat screen no
dump 1 all cfg 100 imp.${File}.*.cfg mass type xs ys zs c_peratom id
thermo 100
thermo_style custom step temp atoms press lx ly pxx pyy pzz pxy pyz pxz
run 10000

作者
Author: wuqiufeng 时间: 2024-8-30 11:06
老哥，你好。请问你找到解决方法了吗？

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