计算化学公社

标题: (已弃用)GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例(附code) [打印本页]

作者
Author:
Acee    时间: 2023-10-24 20:54
标题: (已弃用)GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例(附code)
本帖最后由 Acee 于 2025-5-12 08:42 编辑

本文内容已弃用-望社长删除

作者
Author:
Acee    时间: 2023-10-25 15:09
这部分是实操内容,具体思路和概念,请看上一篇博文
作者
Author:
吹梦到西洲    时间: 2023-10-26 18:39
请问一下PMF的前后值相减就是跨膜的自由能差对吗 如果我想看到沿运动方向的自由能曲线能从这里得到吗?
作者
Author:
Acee    时间: 2023-10-27 13:06
吹梦到西洲 发表于 2023-10-26 18:39
请问一下PMF的前后值相减就是跨膜的自由能差对吗 如果我想看到沿运动方向的自由能曲线能从这里得到吗?

对,可以
作者
Author:
Riggs-蹊    时间: 2024-3-14 12:54
您好,打扰了,谢谢您的文件,我在利用您的文件运行的时候,出现报错:不存在POT.pdb文件,请问这个虚拟点的pdb文件时脚本自动生成的吗?还是需要自己设置?如果是自动生成的话,这个报错是因为添加虚原子类型那一步有问题吗?(我用的是charmmgui生成的模型,里面力场文件只有forcefield.itp,所以我添加在了forcefield.itp的atomtypes下面了)
作者
Author:
iscadye    时间: 2024-5-21 17:21
老师您好,我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错,请问可以帮忙解答一下吗,打扰了
Invalid command-line options
  In command-line option -f
    File 'solv.gro' does not exist or is not accessible.
    The file could not be opened.
      Reason: No such file or directory
      (call to fopen() returned error code 2)
  In command-line option -n
    File 'SOL.ndx' does not exist or is not accessible.
    The file could not be opened.
      Reason: No such file or directory
      (call to fopen() returned error code 2)
  In command-line option -o
    Too many values
作者
Author:
Acee    时间: 2024-5-27 19:17
iscadye 发表于 2024-5-21 17:21
老师您好,我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错,请问可以帮忙解答一下吗,打扰了
Invalid command- ...

没有生成solv.gro这个文件
作者
Author:
lonemen    时间: 2024-5-27 21:21
表皮可是由很厚的几十层细胞组成,各层细胞类型不同。请问用一层的磷脂双层膜,不知道能否说明问题呢?如果审稿人问起,应该如何回应呢?谢谢!
作者
Author:
Acee    时间: 2024-5-27 21:54
lonemen 发表于 2024-5-27 21:21
表皮可是由很厚的几十层细胞组成,各层细胞类型不同。请问用一层的磷脂双层膜,不知道能否说明问题呢?如果 ...

参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理即可
作者
Author:
lonemen    时间: 2024-5-27 23:20
Acee 发表于 2024-5-27 21:54
参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理 ...

好的,明白,多谢科普
作者
Author:
1084584215    时间: 2024-6-5 16:56
你好,请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的
作者
Author:
Acee    时间: 2024-6-5 17:12
1084584215 发表于 2024-6-5 16:56
你好,请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的

gmx editconf -sep
作者
Author:
1084584215    时间: 2024-6-8 11:38
Acee 发表于 2024-6-5 17:12
gmx editconf -sep

学习了,谢谢
作者
Author:
ppisoncomputer    时间: 2024-6-18 16:17
本帖最后由 ppisoncomputer 于 2024-6-18 16:44 编辑

求教 我进行完施加限制这一步之后 想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢?
作者
Author:
JCenter    时间: 2024-6-20 19:40
本帖最后由 JCenter 于 2024-6-20 19:42 编辑

想问下您:该贴中PMF图中PMF曲线的error bar是怎么做的呢。和使用gmx wham命令行中-bsres输出的bsProfs.xvg和bsResult.xvg有关吗。
作者
Author:
juddtrump    时间: 2024-6-20 20:58
iscadye 发表于 2024-5-21 17:21
老师您好,我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错,请问可以帮忙解答一下吗,打扰了
Invalid command- ...

请问如何解决?我第一脚本运行就错了,和您的这个比较类似
作者
Author:
含光君    时间: 2024-8-19 11:27
非常好的教程,我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹,mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp,请问这两段模拟分别是什么目的呢?
作者
Author:
含光君    时间: 2024-8-19 11:28
非常好的教程,我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹,mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp,请问这两段模拟分别是什么目的呢?
作者
Author:
yxdd98    时间: 2024-8-19 14:23
含光君 发表于 2024-8-19 11:28
非常好的教程,我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹,mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp,请问这两段模 ...

npt_pull是平衡体系,prd_pull是进行采样
作者
Author:
含光君    时间: 2024-8-19 14:30
yxdd98 发表于 2024-8-19 14:23
npt_pull是平衡体系,prd_pull是进行采样

噢噢,非常感谢!
作者
Author:
含光君    时间: 2024-8-20 14:02
您好,我还有个问题,就是我在把一个分子从液相经过表面活性剂拉到气相的过程中,发现分子来到气相后在xy方向速度比较大,远大于z方向的拉动速度,导致轨迹看起来比较诡异。请问这样的话会不会对PMF结果有影响?需不需要在mdp文件中做额外处理呢?
作者
Author:
hamengde    时间: 2025-5-1 20:39
ppisoncomputer 发表于 2024-6-18 16:17
求教 我进行完施加限制这一步之后 想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢?

同问




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3