计算化学公社

标题: vasp跑md时，交两个作业的速度只有单独交一个作业速度的一半，可能是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: lue611 时间: 2023-10-24 23:05
标题: vasp跑md时，交两个作业的速度只有单独交一个作业速度的一半，可能是什么原因？
本帖最后由 lue611 于 2023-11-27 19:28 编辑

又遇到问题了想请教各位大佬，再买了4根内存插上，一共是8根内存，一个作业32核一步变成了50多s，两个作业每个32核一步是100s多点
后面又把内存插满了，变成16根内存，但是发现速度相比8根内存并没有加快，想问问这是正常的吗？可能是什么原因导致的？我本来以为插16根能比插8根再加快一截呢。。。
主板是X12DAi-N6

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组内有个80核的服务器，intel8383c*2，内存32G*4，在用vasp跑md时，交一个作业32核一步要100s，交两个作业每个作业32核，一步却要200s，把其中一个作业停了后一步恢复到100s左右的速度
明明核心数是够的可是计算速度却大打折扣，求助大佬这可能是什么原因？

作者
Author: abin 时间: 2023-10-25 08:58
内存条数量

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-10-25 14:05
内存怎么才插这么几根？瓶颈大概率是访存而非计算，你这4根内存是插在一个CPU的插槽上还是均匀分布？通道分配是4x1还是2x2？设核心绑定了吗？
一个权宜之计是把内存全插在一个CPU的4根不同通道上，然后把任务绑定到那个CPU上，这样单任务速度能正常点。有条件多插几根还是多插几根为上。

作者
Author: lue611 时间: 2023-10-25 16:37
本帖最后由 lue611 于 2023-10-25 16:47 编辑

啊不错的飞过海发表于 2023-10-25 14:05
内存怎么才插这么几根？瓶颈大概率是访存而非计算，你这4根内存是插在一个CPU的插槽上还是均匀分布？通道分 ...

你好我查了下，显示的是这样的，不懂这是不是您说的“内存全插在一个CPU的4根不同通道”，对电脑不是很了解见谅
以及最好的方式是插成8G*16的吗
主板是X12DAi-N6，看了下是4通道的
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作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-10-26 14:45

lue611 发表于 2023-10-25 16:37
你好我查了下，显示的是这样的，不懂这是不是您说的“内存全插在一个CPU的4根不同通道”，对 ...

看你的需求。少插对内存超频/降低延迟友好，多插对带宽友好，如果主要是跑VASP的话8GBx16确实更好。
不确定你这个显示和内存物理分布是怎么映射的，以常理推断你现在的插法应该是两个CPU各2根。这种插法比较适应两个CPU各有不相干的两个任务、内存带宽需求也不太大的情况，可以试试numactl把任务和NUMA节点（对8383c来讲就是CPU）绑定起来先看看效果，再确定是不是内存带宽的锅。
还有一种可能是128GB内存不够用，双任务时候用虚拟内存了，也会变慢。你注意过双任务时候的内存占用吗？

作者
Author: lue611 时间: 2023-10-28 22:44

啊不错的飞过海发表于 2023-10-26 14:45
看你的需求。少插对内存超频/降低延迟友好，多插对带宽友好，如果主要是跑VASP的话8GBx16确实更好。
不 ...

一个作业大约要20G的内存，容量应该很够
绑定了一下核心，发现效果一般，可能真的是内存的锅了，我这就跟师兄说说
非常感谢大佬！

作者
Author: lue611 时间: 2023-11-27 19:29
顶一顶，又遇到新问题了编辑在了一楼，谢谢大家了！

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