计算化学公社

标题: CP2K如何使用DFTB3-D3H5 [打印本页]

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-26 04:22
标题: CP2K如何使用DFTB3-D3H5
想使用DFTB3-D3H5作为QM/MM MD的QM区域计算方法，我对CP2K并不熟悉打算通过修改Gromacs自动生成的输入文件来实现。请问DFTB3要怎么添加色散和氢键矫正？手册上一堆参数眼花缭乱的看得我不明所以，DISPERSION_TYPE是设为D3还是D3(BJ)？HB_SR_GAMMA T是用来开启氢键矫正的吗？HB_SR_PARAM后的参数是用来指定氢键矫正是H4还是H5的吗？有很多矫正相关的参数都可以自定义，有哪些需要修改？有无DFTB3-D3H5的输入示例文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-26 05:51
没例子文件。若无特殊情况，用GFN1-xTB就完了，省事得多，省得折腾乱七八糟参数

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-26 15:19

sobereva 发表于 2023-10-26 05:51
没例子文件。若无特殊情况，用GFN1-xTB就完了，省事得多，省得折腾乱七八糟参数

感谢老师回复，我尝试过用Amber+ORCA+GFN2-xTB，发现XTB对于不到200个原子的体系并行效率不高，40核并行时的计算速度只比单核快一倍，GFN1-xTB也会有类似的问题吗？考虑到并行后的计算速度，我还是想用DFTB3。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-27 07:37

ZetaFunction 发表于 2023-10-26 15:19
感谢老师回复，我尝试过用Amber+ORCA+GFN2-xTB，发现XTB对于不到200个原子的体系并行效率不高，40核并行 ...

不同程序之间没可比性
而且形式上GFN1-xTB和SCC-DFTB高度相似，其中一个并行效率低的话另一个不可能并行效率高

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-27 14:40

sobereva 发表于 2023-10-27 07:37
不同程序之间没可比性
而且形式上GFN1-xTB和SCC-DFTB高度相似，其中一个并行效率低的话另一个不可能并行 ...

感谢老师解答，CP2K的输入文件太复杂了，GFN1-xTB官网上有现成的模板，我打算实在搞不明白DFTB3-D3H5就用GFN1-xTB了。请问GFN1-xTB相比GFN2-xTB的精度如何呢？我看过一篇针对蛋白-配体的Benchmark文章，测试结果中综合表现一骑绝尘远远领先于其他半经验方法的就是GFN2-xTB和DFTB3-D3H5，几乎已经逼近B3LYP-D3，但是这篇文章没有测试过GFN1-xTB。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 03:45

ZetaFunction 发表于 2023-10-27 14:40
感谢老师解答，CP2K的输入文件太复杂了，GFN1-xTB官网上有现成的模板，我打算实在搞不明白DFTB3-D3H5就用 ...

没有理由不用Multiwfn产生输入文件
敲几下键盘立刻产生设置合理、正确的输入文件，没法更容易了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）培训里几乎所有例子的输入文件都是用Multiwfn产生的，诸如用GFN1-xTB做AIMD：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

GFN2-xTB的精度和GFN1-xTB半斤八两，优势有一丁点但不明显

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-28 04:15

sobereva 发表于 2023-10-28 03:45
没有理由不用Multiwfn产生输入文件
敲几下键盘立刻产生设置合理、正确的输入文件，没法更容易了
使用Mu ...

感谢老师解答。

我尝试用Multiwfn生成了DFTB3的输入文件，DISPERSION T添加的色散矫正是DFTB3-D3所对应的D3矫正吗？我看DFTB+手册里给出了s6,s8等等参数，应该是需要手动设置的。

我仔细查阅了一些文献，发现HB_SR_PARAM参数对应的是Gamma-damping矫正，好像是一种比较老的氢键矫正形式，不是H4或者H5矫正。请问CP2K可以实现DFTB3-D3H5或者DFTB3-D3H4吗？我没有找到可以启用H4或H5矫正的选项，还是说通过加载一些参数文件可以实现？同样的，CP2K中可以使用PM6-D3H4吗？我同样没有找到开启氢键矫正所对应的选项。

如果CP2K不能使用DFTB3-D3H5和PM6-D3H4，那我就考虑用GFN1-xTB了。CP2K是否是内置了实现GFN1-xTB的代码而不是简单调用XTB程序？我听说XTB程序并没有重点优化中小体系下的并行性能所以加速比不高，如果CP2K基于其原理重写代码的话可能会有所改善。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:22

ZetaFunction 发表于 2023-10-28 04:15
感谢老师解答。

我尝试用Multiwfn生成了DFTB3的输入文件，DISPERSION T添加的色散矫正是DFTB3-D3所对 ...

不是。
参考培训班ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

CP2K的GFN1-xTB代码是原生的，CP2K开发者自己写的

没有理由用PM6-D3H4，不会比GFN1-xTB有什么明显好处。老老实实用GFN1-xTB就完了。

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-28 04:32

sobereva 发表于 2023-10-28 04:22
不是。
参考培训班ppt：

感谢老师解答。

也就是说目前CP2K没法使用DFTB3-D3H5或DFTB3-D3H4是吗？那我就决定用GFN1-xTB了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:32

ZetaFunction 发表于 2023-10-28 04:32
感谢老师解答。

也就是说目前CP2K没法使用DFTB3-D3H5或DFTB3-D3H4是吗？那我就决定用GFN1-xTB了。

没法

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