计算化学公社

标题: 关于相互作用距离如何判断 [打印本页]

作者
Author:
绫波レイ    时间: 2016-9-15 17:06
标题: 关于相互作用距离如何判断
首先,祝福大家中秋节快乐~

最近在做有两个反应通道的气相反应,一个是交换反应,一个是抽取反应,想分块来做相互作用区和渐进区的反应

那么,如何判断交换和抽取反应的相互作用距离呢,具体就是过来反应原子与待反应原子之间的距离,交换反应距离大概在6.2bohr,抽取反应相互作用距离大概在3.0bohr

谢谢

PS:开始尝试IRC反应物和生成物来确定距离,可是抽取反应得到的距离明显大于文献中所估计的大概距离

作者
Author:
绫波レイ    时间: 2016-9-26 08:59
记得卢老师说振动分析和IRC必须和优化构型所用的方法和基组一致,请问BOMD计算是否也应该一致?谢谢
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-9-26 13:35
绫波レイ 发表于 2016-9-26 08:59
记得卢老师说振动分析和IRC必须和优化构型所用的方法和基组一致,请问BOMD计算是否也应该一致?谢谢

BOMD都不牵扯到做振动分析和走IRC。BOMD是动态方式研究,考虑了时间、动能,而振动分析、走IRC、找TS这属于静态方式考察反应
作者
Author:
绫波レイ    时间: 2016-9-26 16:22
sobereva 发表于 2016-9-26 13:35
BOMD都不牵扯到做振动分析和走IRC。BOMD是动态方式研究,考虑了时间、动能,而振动分析、走IRC、找TS这属 ...

非常感谢,也就是说BOMD可以换不一样的方法和基组,请问下相互作用的距离是依靠IRC走到反应物,生成物时分子内的距离判断吗?

作者
Author:
sobereva    时间: 2016-9-26 16:38
绫波レイ 发表于 2016-9-26 16:22
非常感谢,也就是说BOMD可以换不一样的方法和基组,请问下相互作用的距离是依靠IRC走到反应物,生成物时 ...

BOMD换不一样的级别,是指相对于谁的?

相互作用距离这个概念本身并不清楚,我也不好跟你说。
作者
Author:
绫波レイ    时间: 2016-9-26 19:39
sobereva 发表于 2016-9-26 16:38
BOMD换不一样的级别,是指相对于谁的?

相互作用距离这个概念本身并不清楚,我也不好跟你说。

1、BOMD的构型,是用高精度的方法和基组优化出来的,然后设置方法和基组,以及stepsize等,一般用的方法和基组都是低精度的,这时候不太懂怎么选择合适的低精度方法和基组,还是大概选择一下,区别不是很大?
2、以及看了您写的博文关于IOP的,和gaussian手册,都没有找到IOp(1/44=870711)、IOp(1/44=880725)、IOp(1/44=76543) 的注释
3、在跑BOMD的时候,放入反应物和生成物的结构(低精度的IRC跑出来的)会出现不收敛的情况,这时加上scf=xqc,还是会出现 RKDRVR: Truncation Error         0.9503509091D-05
         Energy Error             0.2996434341D+01
         Reduced time step (fs)   0.6881463171D-05
RKDRVR:  Integration failure!
这样的问题,暂时以为是结构找的不好,用高精的优化试一试

问题比较琐碎,谢谢啦
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-9-26 20:14
绫波レイ 发表于 2016-9-26 19:39
1、BOMD的构型,是用高精度的方法和基组优化出来的,然后设置方法和基组,以及stepsize等,一般用的方法 ...


优化本身就不需要高级别,高级别优化是浪费时间,因为优化对计算级别本身就不敏感。B3LYP/6-311G**这种级别,至少对于有机体系,优化得已经足够好了。
用高级别优化的初始结构也没任何特殊好处,因为其微末的优点也根本继承不到BOMD动力学模拟中
作者
Author:
绫波レイ    时间: 2016-9-27 17:04
sobereva 发表于 2016-9-26 20:14
优化本身就不需要高级别,高级别优化是浪费时间,因为优化对计算级别本身就不敏感。B3LYP/6-311G**这种 ...

恩恩,谢谢卢老师,有时候出现一种情况,尝试不同优化方法和基组,得到的构型差别很大,用ump2/6-311(d,p)和ump2/6-311++(d,p)得到的构型差别很大,再把得到的构型放到uccsd(t)/avtz优化,也没有优化到相同的构型,所以不知道较低级别如何选择方法和基组
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-9-27 22:38
绫波レイ 发表于 2016-9-27 17:04
恩恩,谢谢卢老师,有时候出现一种情况,尝试不同优化方法和基组,得到的构型差别很大,用ump2/6-311(d,p ...


不建议用UMP2。用诸如M062X划算得多,结果还多半情况更好。
MP2要用起码得def2-TZVP,6-311G**太小。而且若是你的体系牵扯弱相互作用,弥散是必须的。
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

具体用什么级别最划算都得结合具体体系才能说清楚。




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3