计算化学公社

标题: 求助，纯冰水结冰速度先快后慢 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-10-26 18:19
标题: 求助，纯冰水结冰速度先快后慢
各位大佬，我在模拟纯冰水结冰时发现结冰速度不合理，纯冰水不应该一直结冰吗，所以想问一下，前期速率慢，后期基本不生长，这现象正常吗。
使用packmol构建的初始盒子，中间是冰，两侧是水，温度为250K，压力为1bar。模拟了150ns，以下几个图，分别是0ns，50 ns，100ns，150ns的图。（水模型使用的是公社里sob老师给的tip4p-ice，单个水分子是用tip4p.gro通过删减得到的，冰是用genice构建的四点冰，使用的gromacs版本是sob老师编译的2020.6gpuwin64版）
还有一个问题，这是个周期性的体系，我想把原来的冰一直居中，使用这个命令gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -n one.ndx -o md_atom_center.xtc -pbc atom -center，选择中心组为ICE，输出为SYSTEM，发现整个体系并没有居中，且会左右晃动，请问这是什么原因。

(, 下载次数 Times of downloads: 24) (, 下载次数 Times of downloads: 23) (, 下载次数 Times of downloads: 24) (, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-27 08:17
当前不正常。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我在260K下用TIP4P/Ice做结冰的模拟：

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

注意控压方式，应当用半各项同性控压，在垂直于和平行于冰种界面的方向要分别控压

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-10-27 18:49

sobereva 发表于 2023-10-27 08:17
当前不正常。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html ...

好的，老师。还有几个疑问，麻烦老师看一下。
1.体系中没有位置限制也没有冻结，也不是膜，可以直接用semiisotropic吗？
2.然后三个方向上的ref_p都设为1bar，平行冰种方向yz方向上的压缩系数设为4.5e-5，垂直冰种方向x方向设为0吗？
3.以下写法可以吗？
compressibility = 0 4e-5 4e-5
ref_p = 1 1 1

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-27 19:46
本帖最后由牧生于 2023-10-27 19:52 编辑

非好汉发表于 2023-10-27 18:49
好的，老师。还有几个疑问，麻烦老师看一下。
1.体系中没有位置限制也没有冻结，也不是膜，可以直接用se ...

社长这一页ppt好像是这次培训的新增内容。有个疑问，为什么一定要“应当用半各项同性控压，在垂直于和平行于冰种界面的方向要分别控压”
我做结冰，控压直接用的这个，感觉也没觉得有什么问题啊？

Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 20.0
compressibility = 4.5e-5

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 03:52

非好汉发表于 2023-10-27 18:49
好的，老师。还有几个疑问，麻烦老师看一下。
1.体系中没有位置限制也没有冻结，也不是膜，可以直接用se ...

1 semiisotropic不是给膜体系唯一专用的

2、3 半各项同性控压时你只需设两个值，分别负责XY和Z（你的模型得让冰种表面平行于XY）。可压缩系数都设为水的就行，1 atm

Pcoupl = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 03:54

牧生发表于 2023-10-27 19:46
社长这一页ppt好像是这次培训的新增内容。有个疑问，为什么一定要“应当用半各项同性控压，在垂直于和平行 ...

原理上不是最好的
在完全结冰之前，体系是固-液界面体系，平行于界面方向和垂直于界面方向的特征很不同，不应各方向约束盒子尺寸同步等比例变化

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-10-28 10:06

sobereva 发表于 2023-10-28 03:52
1 semiisotropic不是给膜体系唯一专用的

2、3 半各项同性控压时你只需设两个值，分别负责XY和Z（你的 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: Ccc1234 时间: 2024-1-23 20:45
博主这个纯冰水结冰模拟文件能分享一下嘛，万分感谢！

作者
Author: Donalaren 时间: 2025-3-28 15:40
本帖最后由 Donalaren 于 2025-3-28 16:03 编辑

请问这个问题最后解决了吗？我也是开始结冰速度比较快（10ns内），但到后面剩下一半的水一直都无法结冰，从10ns-100ns一直没有明显变化。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)