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标题: 求助：vasp中运用NEB寻找过渡态，结果有误不知道怎么处理 [打印本页]

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Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-10-26 21:10
标题: 求助：vasp中运用NEB寻找过渡态，结果有误不知道怎么处理
本帖最后由红烧肉盖饭于 2023-10-27 23:24 编辑

我的输入文件如附件，用dist.pl查看距离之后，用得出的数值除以0.8确定的插点数。

用nebmake.pl方法插的点。但是一直存在几个问题。
1、如图一。用nebef.pl在计算过程中检查结果，但是直到任务全部计算完成，也只有00和01的数值对比？我是需要降低EDIFFG的收敛要求嘛？目前的EDIFFG的数值设置是-0.04
(, 下载次数 Times of downloads: 9) （图一）
2、根据图一的01结构，我发现这个01的结构能量低于00初始态，估摸着可能与初始态之间还有其他的过渡态。因为，01结构中C-H键已经断裂，所以只能作为终态进行重新优化。在对01的CONTCAR结构转化为输入文件POSCAR进行重新优化之后，我重新命名为fin-1。将fin-1设置为末态重新进行NEB过渡态搜寻。但是发现，这次的01能量又低于初态。想问一下，这是什么原因呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 11) （图二）

图一图二使用的INCAR文件均一致。 (, 下载次数 Times of downloads: 17)
在对初末态进行结构优化的时候，也只是去除掉了NEB的部分。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-28 09:54
你的脚本nebef.pl为啥只显示出初末态的能量呢，兄弟，这个不应该连着被插值的各帧的能量都出来吗

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Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-10-28 09:58

123wo 发表于 2023-10-28 09:54
你的脚本nebef.pl为啥只显示出初末态的能量呢，兄弟，这个不应该连着被插值的各帧的能量都出来吗

诶呀，非常感谢。我一直以为这个1是插点01的能量值呢，没往是末态上想。因为我是在集群里算的，可能是因为输出都在后台，需要复制出来。我处理一下，谢谢。

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-11-4 09:55
本帖最后由红烧肉盖饭于 2023-11-4 10:03 编辑

各位老师好，我重新提交之后，各插点也已经收敛。但是根据nebef.pl的结果所示，能量是持续下降的。看起来没有过渡态存在，找不到反应能垒。请问各位老师，这种情况下怎么处理呢？
我计算的是类贵金属团簇催化甲烷。这个是第一个C-H键的活化。

作者
Author: CHLllooll 时间: 2023-11-23 20:20

红烧肉盖饭发表于 2023-11-4 09:55
各位老师好，我重新提交之后，各插点也已经收敛。但是根据nebef.pl的结果所示，能量是持续下降的。看起来没 ...

用nebbarrier.pl 和nebspline.pl看一下，是不是平滑得下降，我感觉应该不是

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Author: 超级核潜艇 时间: 2023-11-29 09:20
你还需要结合结构来看一下，如果确实结构上也是你想象中那样，那有可能就是没有过渡态。

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-14 16:22

超级核潜艇发表于 2023-11-29 09:20
你还需要结合结构来看一下，如果确实结构上也是你想象中那样，那有可能就是没有过渡态。

谢谢老师回复，结构确实不太一样，键拉长了，是过渡态。

作者
Author: 千纸梦 时间: 2023-12-15 17:45
这个不像有过渡态的，但还是把movie.xyz拿出来看一下。

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Author: ttwoshipzh 时间: 2024-1-26 12:33
我想问下我现在是只有3行数据，我看你刚开始只有2行，后面都显示了，是怎么做的啊

作者
Author: ttwoshipzh 时间: 2024-1-26 12:34
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2024-1-27 18:46

ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:33
我想问下我现在是只有3行数据，我看你刚开始只有2行，后面都显示了，是怎么做的啊

这个有可能是之前的计算结果自动kill掉了，没有移动到前台来。需要把计算脚本的文件修改一下。
我们组的计算脚本是算完之后为了不占用内存会自动删掉，但是中间插点的部分不能直接看到，只能进入节点查看。所以我是把要求删除的那部分脚本删了。计算结束之后，进入那个节点，在粘贴到计算的文件夹里

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2024-1-27 18:47

ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:34
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点

有可能还是我上一个回复您的原因。
抱歉，我只遇到过一个都没有的和结果全都存在的，没遇见过只出现一个插点的。

作者
Author: Guixi 时间: 2025-12-8 10:49

红烧肉盖饭发表于 2024-1-27 18:46
这个有可能是之前的计算结果自动kill掉了，没有移动到前台来。需要把计算脚本的文件修改一下。
我们组的 ...

我也是，我插了15个，只是显示5个点，这是啥原因呢？

作者
Author: Guixi 时间: 2025-12-8 10:50

ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:34
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点

请问您解决了吗，我也有类似问题，显示不完全我的插点数

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