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标题: 求助：离子液体动力学模拟相互作用能分析如何除以分子数？ [打印本页]

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Author: 马天湉 时间: 2023-10-26 23:10
标题: 求助：离子液体动力学模拟相互作用能分析如何除以分子数？
请问我的体系是410对离子液体 614个dmso分子，如果我要算离子液体中单个阳离子与dmso之间的相互作用能，是用阳离子与dmso相互作用能（Coul- SR+LJ-SR）/（410*614）吗？如果算dmso-dmso相互作用是用（Coul-SR+LJ-SR+Coul-14+LJ14）/614*614吗？请各位老师指点迷津，感谢！

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Author: sobereva 时间: 2023-10-27 08:22
1 是

2 如果你要算分子间的，显然不能纳入1-4，这是分子内的。另外，甲基的氢之间可能有隔四个键的非键相互作用，必须扣除

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-27 17:14

sobereva 发表于 2023-10-27 08:22
1 是

2 如果你要算分子间的，显然不能纳入1-4，这是分子内的。另外，甲基的氢之间可能有隔四个键的非键 ...

感谢老师的回答；请问dmso-dmso之间如果不加1-4之间的相互作用能的话算出来为正值；加了14相互作用能dmso之间相互作用能就是负值了，如果要比较不同摩尔浓度下的dmso-dmso分子之间相互作用是不是不考虑14，正值也无妨。

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Author: sobereva 时间: 2023-10-28 03:49

马天湉发表于 2023-10-27 17:14
感谢老师的回答；请问dmso-dmso之间如果不加1-4之间的相互作用能的话算出来为正值；加了14相互作用能dm ...

是

但这只是一方面，其它方面计算方式也得合理，诸如应当用cutoff方式算非键作用并结合尽量大的截断半径

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Author: 马天湉 时间: 2023-11-6 13:18

sobereva 发表于 2023-10-27 08:22
1 是

2 如果你要算分子间的，显然不能纳入1-4，这是分子内的。另外，甲基的氢之间可能有隔四个键的非键 ...

老师我用cutoff1.5算相互作用能，按这个方法除以分子数，纯离子液体中阴阳离子之间的相互作用能低于加入溶剂dmso时的相互作用能，和文献中不一致，文献中是纯离子液体中阴阳离子之间相互作用能明显高于加入溶剂dmso时的相互作用能。纯离子液体中有1024对阴阳离子我用阴阳离子之间的（LJ+Coul）/1024*1024 然后离子液体与DMSO（1:1）时是512对离子液体和512个dmso，我算阴阳离子之间相互作用是用阴阳离子之间LJ+Coul/（512*512）。请问这样算对吗？

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