计算化学公社

标题: 如何在vmd调整肽和膜距离 [打印本页]

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-27 10:01
标题: 如何在vmd调整肽和膜距离
如题，我需要调整多肽距离膜结构 10Å，我尝试了使用transaxis，但是不知道怎么能把轴调到膜表面的原子。求问各位大佬怎么操作呢？
图为我的膜结构图，红色是我标的预计的多肽位置

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:38
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

对肽的atomselect，move后面跟上ppt里标注的往特定方向移动特定距离的变换矩阵就完了

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作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-29 16:00

sobereva 发表于 2023-10-28 04:38
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的，不好意思不好意思，下次注意！
还是想问一下具体膜的坐标怎么看呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-30 01:36

ppisoncomputer 发表于 2023-10-29 16:00
好的，不好意思不好意思，下次注意！
还是想问一下具体膜的坐标怎么看呢？

取决于你怎么定义膜的坐标

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-11-3 14:57

sobereva 发表于 2023-10-30 01:36
取决于你怎么定义膜的坐标

如果是想要调整膜距离多肽距离10Å，我想的是可以变换矩阵以膜表面为零点，然后使用transoffset进行移动，但是我不知道怎么能够设置矩阵变换到膜表面呢？求教！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 05:10

ppisoncomputer 发表于 2023-11-3 14:57
如果是想要调整膜距离多肽距离10Å，我想的是可以变换矩阵以膜表面为零点，然后使用transoffset进行 ...

你在VMD里进入查询模式（激活图形窗口，按0），点击膜顶端一个原子，文本窗口得到其Z坐标，再点击多肽底端一个原子，也得到Z坐标，二者求差，与10的偏离量就是你要在Z方向移动的距离

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-11-5 13:39
谢谢老师！解决了非常感谢！

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