计算化学公社

标题: 分析amber轨迹，如何统计蛋白离子通道中离子的个数？ [打印本页]

作者
Author: ovolcano 时间: 2023-10-27 11:06
标题: 分析amber轨迹，如何统计蛋白离子通道中离子的个数？
amber分子动力学模拟离子通道，共1000帧轨迹，有没有什么简单易操作的方法可以计算每一帧离子通道里的某一种离子的个数？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:44
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

取决于离子通道具体结构。如果是比较容易通过几何关系描述的，自己写VMD tcl脚本统计就完了，最方便灵活
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我写的这个脚本举一反三

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作者
Author: ovolcano 时间: 2023-10-30 19:58

sobereva 发表于 2023-10-28 04:44
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的谢谢老师。那如果我这是圆柱形离子通道，怎么定义这个空间呢？我是否可以将它近似成长方体来计算？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-30 22:22

ovolcano 发表于 2023-10-30 19:58
好的谢谢老师。那如果我这是圆柱形离子通道，怎么定义这个空间呢？我是否可以将它近似成长方体来计算？

可以考虑用点到直线的距离以及点与平面的关系，选出到圆柱中轴线距离小于半径并且位于两个平面之间的水分子。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-31 03:57

ovolcano 发表于 2023-10-30 19:58
好的谢谢老师。那如果我这是圆柱形离子通道，怎么定义这个空间呢？我是否可以将它近似成长方体来计算？

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

用数学公式定义一个柱形区域就完了

作者
Author: ovolcano 时间: 2023-10-31 09:48

sobereva 发表于 2023-10-31 03:57
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

学会了，谢谢老师

作者
Author: ovolcano 时间: 2023-10-31 09:51

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-30 22:22
可以考虑用点到直线的距离以及点与平面的关系，选出到圆柱中轴线距离小于半径并且位于两个平面之间的水分 ...

看了老师的教程明白了，是我想得复杂了，感谢指点。

作者
Author: ovolcano 时间: 2023-10-31 09:58
本帖最后由 ovolcano 于 2023-10-31 09:59 编辑

sobereva 发表于 2023-10-31 03:57
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

老师我还想问您一个问题，怎么让蛋白平行于某一坐标轴呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-31 10:01

ovolcano 发表于 2023-10-31 09:58
老师我还想问您一个问题，怎么让蛋白平行于某一坐标轴呢？

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

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