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标题: 使用gmx genion命令加离子数目不匹配的问题 [打印本页]

作者
Author: LNN 时间: 2023-10-27 11:50
标题: 使用gmx genion命令加离子数目不匹配的问题
老师好，各位好，最近进行磷脂双层膜模拟，使用gmx genion命令添加镁离子和氯离子，就是MgCl2
命令如下：
gmx genion –s ions.tpr –o dppc_mg.gro –p system.top –pname MG –conc 0.15 –neutral
这个命令加入了408个镁离子和408个氯离子，但是我理解镁离子和氯离子数目应该是1：2的关系。
然后我检查了原本的体系，直接往体系里加入nacl，显示没有可加的离子，说明原体系不带电（磷脂膜体系使用的martini力场的DPPC和水）。
想请教一下各位，使用命令加离子为什么会这样，还是我的操作有误，有什么解决办法呢，谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:55
要么直接指定两类离子加的数目，要么指明离子的净电荷。

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: LNN 时间: 2023-10-28 11:38

sobereva 发表于 2023-10-28 04:55
要么直接指定两类离子加的数目，要么指明离子的净电荷。

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http: ...

ok可以啦，谢谢老师！
老师，我还有个其他问题：
在Ubuntu安装了双精度gromacs之后可以使用gmx_d命令，但是不能用gmx命令，原单精度gromacs添加了CUDA toolkit，两种gromacs不在同一文件夹，为什么也不能使用gmx命令呢，这样的话，我需要重新安装支持CUDA GPU加速的版本吗？感谢老师解答！

作者
Author: snljty2 时间: 2023-10-28 23:32

LNN 发表于 2023-10-28 11:38
ok可以啦，谢谢老师！
老师，我还有个其他问题：
在Ubuntu安装了双精度gromacs之后可以使用gmx_d命令， ...

说清楚什么叫“不能使用”，正确source 对应版本安装目录下的bin/GMXRC文件后，输入which gmx显示什么？

作者
Author: LNN 时间: 2023-10-30 10:41
本帖最后由 LNN 于 2023-10-30 11:54 编辑

snljty2 发表于 2023-10-28 23:32
说清楚什么叫“不能使用”，正确source 对应版本安装目录下的bin/GMXRC文件后，输入which gmx显示什么？

老师好，感谢老师解答！
输入which gmx 没有任何显示，直接开始下一命令了。
输入gmx -version 显示gmx not found
是不是因为安装双精度gromacs在.bashrc下source双精度版本会覆盖原来的gromacs呢？

作者
Author: snljty2 时间: 2023-10-30 12:51

LNN 发表于 2023-10-30 10:41
老师好，感谢老师解答！
输入which gmx 没有任何显示，直接开始下一命令了。
输入gmx -version 显示gmx ...

我只能说，不会覆盖，装在同一个目录没有问题。既然你说没有装在同一个目录，那你应该用哪个就source哪个目录的bin/GMXRC呀。

作者
Author: LNN 时间: 2023-10-30 17:06
本帖最后由 LNN 于 2023-10-30 20:31 编辑

snljty2 发表于 2023-10-30 12:51
我只能说，不会覆盖，装在同一个目录没有问题。既然你说没有装在同一个目录，那你应该用哪个就source哪个 ...

是的呀，因为单精度gromacs是编译了CUDA加速，所以不在同一目录，gmx命令也不能用呀
文件内容如下，是有什么错误吗，如果还是不能使用gmx命令，需要重新安装带CUDA GPU加速的gromacs吗？
我尝试重新安装带CUDA GPU加速的gromacs，双精度安装的是gromacs2022，单精度是gromacs2023，发现在.bashrc文件中，哪一个source在最后，哪一个命令就可以使用。
感谢老师解答！

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