计算化学公社

标题: gaussian09D.01进行结构优化频率计算时耗时过长 [打印本页]

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Author: lemongjm 时间: 2023-10-27 16:04
标题: gaussian09D.01进行结构优化频率计算时耗时过长
之前用linux系统做频率计算和结构优化，在相同的计算水平下，计算同一个分子的cpu时长是5 hours 6 minutes 12.8 seconds，之后想计算红外和进行npa分析，就多加了pop=npa,freq=anharm关键词，输入文件见图片，结果计算整一天了任务还在进行，请问下sob老师，npa计算是很耗时间么？

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Author: wzkchem5 时间: 2023-10-27 17:01
基本的控制变量的思想得有。NPA只需要pop=npa，非谐性红外只需要freq=anharm，你两个关键词都加了，怎么可能得出”耗时间是因为NPA计算“的结论？退一步讲，自己看输出文件卡在哪，也能知道是哪一步最慢

作者
Author: lemongjm 时间: 2023-10-27 17:07

wzkchem5 发表于 2023-10-27 17:01
基本的控制变量的思想得有。NPA只需要pop=npa，非谐性红外只需要freq=anharm，你两个关键词都加了，怎么可 ...

卡在l1002，意思是我要一个一个算是吧，谢谢您的回复

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Author: snljty2 时间: 2023-10-27 17:15
1. 不要拍屏，非常刺眼还占论坛空间，把文件传到你自己电脑上，截图发。看计算化学公社新社员必读！。不得不拍照几乎仅限于装系统的界面报错又不能很好用文字描述的情况。

能截图的就截图，不要拍照，这点在这里已经说了http://bbs.keinsci.com/thread-5914-1-1.html。不得不拍照的时候，不要试图直接把原图往论坛上传（往往文件很大，浪费服务器资源，别人下载还耗时高），而应当用图像观看/编辑程序如IrfanView、photoshop先把图像大小改成合适之后再上传。做法得当的情况下500KB以内绝对能保证图像足够清晰。而且传的照片必须是正的，别是旋转90度的。

2. Population=NPA计算最多也就几秒钟的事。
3. 不建议把不同类型任务混一起做。你之前结构优化后的结构拿出来算个单点，NPA电荷早算完了。
4. 问题在非谐振，你指定的AnHarm是非谐振计算。Gaussian的VPT2方法是先算三阶解析导数再算一阶有限差分，计算量极大。不知道你体系有多少个原子，大概率算不动。即使只是做谐振频率，你给的内存也显得有点儿小了。如果你没有绘制过谐振近似下的红外光谱，应该先考虑用前面Freq做谐振近似的结果，绘制谐振近似的红外光谱，看效果怎么样再说，另外谐振近似下大概率值得考虑频率校正因子，看卢老师博文谈谈谐振频率校正因子和基频频率校正因子实际效果测试。

作者
Author: lemongjm 时间: 2023-10-27 17:33

snljty2 发表于 2023-10-27 17:15
1. 不要拍屏，非常刺眼还占论坛空间，把文件传到你自己电脑上，截图发。看计算化学公社新社员必读！。不得 ...

关于错误发帖我会改正，谢谢您的耐心解答

作者
Author: lemongjm 时间: 2023-10-27 17:53

snljty2 发表于 2023-10-27 17:15
1. 不要拍屏，非常刺眼还占论坛空间，把文件传到你自己电脑上，截图发。看计算化学公社新社员必读！。不得 ...

请问您说的Gaussian的VPT2方法和泛函有什么关联么？还是指不同的泛函做红外计算都会调用这个VPT2方法，新手不太懂

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-27 20:07

lemongjm 发表于 2023-10-27 10:53
请问您说的Gaussian的VPT2方法和泛函有什么关联么？还是指不同的泛函做红外计算都会调用这个VPT2方法，新 ...

【在高斯（以及其他一些程序如orca）里】，不同的泛函做【非谐振】红外计算都会调用VPT2方法。其他程序可能支持更高阶的方法，例如VSCF、VCI、VCC等

作者
Author: lemongjm 时间: 2023-10-27 20:15

wzkchem5 发表于 2023-10-27 20:07
【在高斯（以及其他一些程序如orca）里】，不同的泛函做【非谐振】红外计算都会调用VPT2方法。其他程序可 ...

原来是这样，再次感谢您的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:00

lemongjm 发表于 2023-10-27 17:53
请问您说的Gaussian的VPT2方法和泛函有什么关联么？还是指不同的泛函做红外计算都会调用这个VPT2方法，新 ...

VPT2是一类非谐振层面的振动分析的方法，还有一堆变体，如GVPT2等。计算过程中需要能量对核坐标的导数，导数可以通过任何理论方法计算，只不过精度好坏的问题，甚至有人基于MMFF94力场做VPT2计算。

对于非谐振计算来说，当前级别太烂。此级别只适合计算非谐振校正量（加到较高级别的谐振频率上）。而此级别直接算出来的非谐振频率往往还不如此级别的谐振频率考虑基频校正因子准。

作者
Author: lemongjm 时间: 2023-10-28 12:15

sobereva 发表于 2023-10-28 04:00
VPT2是一类非谐振层面的振动分析的方法，还有一堆变体，如GVPT2等。计算过程中需要能量对核坐标的导数， ...

谢谢sob老师

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