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标题: SMD溶剂环境可以理解为少量水嘛，想问势垒图的起点是什么 [打印本页]

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Author: qjy111 时间: 2023-10-27 17:13
标题: SMD溶剂环境可以理解为少量水嘛，想问势垒图的起点是什么
本帖最后由 qjy111 于 2023-10-27 17:18 编辑

最近在做离子液体的DFT,有下面几个问题不是特别明白，想询问一下
1.SMD溶剂环境可以理解为少量水嘛。如果想描述水含量摩尔分数0-1范围，在DFT里可以怎么体现。我想的是水含量摩尔分数为0.5时，是离子液体1个，显式溶剂1个水分子。水含量摩尔分数为0.1时，是离子液体9个，显式溶剂1个水分子。这样理解对吗？
2.图中是一种氨基离子液体吸收CO2的两步反应，第一步是形成两性离子，第二步是氨基与CO2的反应。请问一下像图中吉布斯自由能起点为0是以哪种物质作为起点的，我的想法是离子对的自由能加CO2的自由能，不知道对不对。
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3.利用molclus搜索到离子对构型后，还需要再对离子对进行高斯优化嘛？因为我对离子对搜索构型后，继续在同一基组下高斯优化，发现构型与molclus搜索出来的构型有点点不一样，以哪个为准。（molclus搜索出来的构型优化曲线已经收敛了）4.过渡态搜索出来的构型唯一嘛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-27 23:34
1. 溶剂模型的隐式溶剂部分按http://sobereva.com/327的混合溶剂写法来处理；显式溶剂部分如果直接把摩尔数换算成分子数，未必合理，因为溶质可能选择性地亲和其中一种溶剂，导致溶质分子周围溶剂的局部摩尔分数和总体的摩尔分数不符。严格的做法是做构型搜索，确定当前的溶剂摩尔分数下溶质的第一配位层的最优组成；如果这样做太麻烦，且已知待求量不太受溶剂摩尔分数影响，那么按你说的方法把摩尔分数简单换算成溶剂分子比例也可以考虑，但前提是溶剂的隐式部分必须考虑且介电常数设置正确
2. 原则上文章有义务把这个写清楚。假如确实没写清楚，只能让人猜的话，你说的确实是最合理的猜测
3. 具体多不一样？
4. 一般不唯一，参见https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/SC/D2SC02274E

作者
Author: qjy111 时间: 2023-10-28 11:34

wzkchem5 发表于 2023-10-27 23:34
1. 溶剂模型的隐式溶剂部分按http://sobereva.com/327的混合溶剂写法来处理；显式溶剂部分如果直接把摩尔数 ...

谢谢老师的解答，下面是问题3的结构差别，想请老师看一下
3.离子对阳离子角度位置固定条件下，左边的是molclus搜索出来的离子对阴离子部分的结构，右边是基于搜索出来的结构在同一基组下高斯继续优化出来的离子对阴离子部分的结构，我觉得差别挺大的。并且molclus搜索出来的离子对更松散一点，高斯继续优化的离子对更紧密一点
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5.老师还想问一下，我对一个环上带一条烷基链的阳离子进行了高斯优化，已成功收敛，虚频已为0.但是我看文献中有一个类似的阳离子，是经过势能面扫面找到极小点确定的，如果要到发论文的地步，是不是必须要进行势能面扫描确定唯一。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-28 15:43

qjy111 发表于 2023-10-28 04:34
谢谢老师的解答，下面是问题3的结构差别，想请老师看一下
3.离子对阳离子角度位置固定条件下，左边的是m ...

3. 是不是溶剂、色散校正等细节处理不一样？如果自己检查不出来，把构象搜索和后续优化的完整高斯输入文件（注意不是molclus输入文件）贴上来
5. 构象搜索和势能面扫描一般只需要做一个（势能面扫描相当于一种构象搜索，当所有二面角都扫描时，比一般构象搜索算法可靠，但耗时高很多；当只扫描一小部分二面角的时候，比一般构象搜索算法快，但可靠性差很多）。除非你不是完全信任你的构象搜索方法有没有把构象搜全，重新做系统性的势能面扫描又算不动，那可以考虑补充一个只扫描一小部分二面角的势能面扫描

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