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标题: 分子动力学模拟非电中性（不加抗衡离子）体系吗？ [打印本页]

作者
Author: root1 时间: 2023-10-27 20:01
标题: 分子动力学模拟非电中性（不加抗衡离子）体系吗？
请问各位大神，分子动力学可以模拟非电中性（不加抗衡离子）体系吗？有没有什么办法可以做到？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-27 20:11
本帖最后由牧生于 2023-10-27 20:13 编辑

听我一席话，胜听一席话。

第一个问题：可以。
第二个问题：不加抗衡离子就行。如果你已经加了，那就在gro文件中把离子删掉，把原子总数改成减去离子数量以后的个数，同时在.top文件中也删掉离子的信息。

作者
Author: root1 时间: 2023-10-27 20:49

牧生发表于 2023-10-27 20:11
听我一席话，胜听一席话。

第一个问题：可以。

我刚刚试了一下可以进行，但是会有警告，可以忽略继续走吗？没有报错

作者
Author: root1 时间: 2023-10-27 20:54

牧生发表于 2023-10-27 20:11
听我一席话，胜听一席话。

第一个问题：可以。

那这样得出来的结论有没有意义？因为我只想研究阳离子对中心分子的研究，不想让抗衡离子对他有任何影响。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-27 22:37

root1 发表于 2023-10-27 20:54
那这样得出来的结论有没有意义？因为我只想研究阳离子对中心分子的研究，不想让抗衡离子对他有任何影响。

原则上，应该保持体系为电中性才是合适的。
如果你有充足的理由说的通为什么要跑带电的体系，那也可以忽略警告继续跑。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:11
一方面，模拟体系带正电的话，现实中自发就会吸引溶液中带负电的离子跑过来
另一方面，你若用Ewald、PME等考虑无穷远距离静电相互作用的方法，体系带净电原理上就是不当的，相当于和周期镜像存在严重静电互斥

作者
Author: root1 时间: 2023-10-28 12:33

sobereva 发表于 2023-10-28 04:11
一方面，模拟体系带正电的话，现实中自发就会吸引溶液中带负电的离子跑过来
另一方面，你若用Ewald、PME等 ...

老师，那我改用cut-off方法来考虑静电相互作用可以吗？

作者
Author: root1 时间: 2023-10-28 12:35

牧生发表于 2023-10-27 22:37
原则上，应该保持体系为电中性才是合适的。
如果你有充足的理由说的通为什么要跑带电的体系，那也可以忽 ...

我只想研究NA离子对核苷酸的作用，不想让抗衡离子影响到，这个理由可以吗？

作者
Author: 赵小壮 时间: 2023-10-28 20:00
我们组和外国一个组分别推导出了非电中性体系的Ewald 方法，https://doi.org/10.1063/1.4998320和https://doi.org/10.1063/1.4945560
额外需要说一句的是，就算是电中性的体系那也是发散的，Ewald是从无限到有限的截断中能够抓住无穷远的粒子之间的关联。同样的非电中性体系发散没关系，只要能够恰当地抓住关联就行。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-29 00:51

root1 发表于 2023-10-28 12:33
老师，那我改用cut-off方法来考虑静电相互作用可以吗？

可以，但cutoff需要尽量大，尽可能减小截断造成的误差

作者
Author: root1 时间: 2023-10-30 12:13

sobereva 发表于 2023-10-29 00:51
可以，但cutoff需要尽量大，尽可能减小截断造成的误差

好的。谢谢老师。

作者
Author: root1 时间: 2023-10-30 12:13

赵小壮发表于 2023-10-28 20:00
我们组和外国一个组分别推导出了非电中性体系的Ewald 方法，https://doi.org/10.1063/1.4998320和https://d ...

好的，谢谢老师

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