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标题: 求助：PMF和基于概率密度或径向分布函数的自由能有什么区别 [打印本页]

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Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-10-27 21:20
标题: 求助：PMF和基于概率密度或径向分布函数的自由能有什么区别
请问一下各位老师：用pull代码算出来一个分子穿过通道的PMF 和让多个分子自由填充通过通道，根据各个位置算出来的概率分布求得的自由能有什么差别；我的理解是PMF前后的差就是类似结合能的东西并不能说明沿着这段路径每一个位置的自由能，但是概率分布得到的好像可以。（换句话来说我觉得PMF只有前后的差有价值而基于概率密度得到的自由能整条曲线都有价值反应在这个路径下的自由能实时变化）我可能表达的很不清楚..希望各位老师提点提点..

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 04:14
本来通过概率分布转化出的特定路径上的自由能变化就算PMF
PMF没有唯一计算方法，常规动力学，以及依赖pull/加速采样算出来的特定路径上（不限于一维）的自由能变化都叫PMF

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Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-10-28 13:41

sobereva 发表于 2023-10-28 04:14
本来通过概率分布转化出的特定路径上的自由能变化就算PMF
PMF没有唯一计算方法，常规动力学，以及依赖pull ...

谢谢老师

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