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标题: 求助：怎么将2D的SDF文件小分子转3D [打印本页]
作者
Author: yy_ds_yyds    时间: 2023-10-28 16:18
标题: 求助：怎么将2D的SDF文件小分子转3D
本帖最后由 yy_ds_yyds 于 2023-11-9 09:19 编辑

各位老师好。最近在学习虚拟筛选，下载到了小分子库的SDF文件，文件是2D的。我用openbabel对其进行转3D，但是转后的小分子不符合正常形态，一片混乱。有没有什么办法能够正确的批量将2D小分子sdf文件，转换成为3D小分子，用于后续小分子准备和虚拟筛选。
期待各位老师和同学给予帮助。


感谢各位老师给予的知道，问题已经解决。自己做了一个基于RDkit的python脚本分享给大家，可能脚本会存在一些问题，大家选择性使用。
作者
Author: exity    时间: 2023-10-29 17:49
https://github.com/grimme-lab/xt ... structure-converter

xtb 的 2D to 3D 或许可以完成这个工作。
作者
Author: yy_ds_yyds    时间: 2023-10-31 09:15
exity 发表于 2023-10-29 17:49
https://github.com/grimme-lab/xt ... structure-converter

xtb 的 2D to 3D 或许可以完成这个工作。

谢谢老师，我去学习一下。
作者
Author: ShangChien    时间: 2023-10-31 12:19
本帖最后由 ShangChien 于 2023-10-31 12:38 编辑

rdkit还是很好用的：
  1. from rdkit import Chem
  2. from rdkit.Chem import rdDistGeom
  3. from pathlib import Path as P

  5. etkdg = rdDistGeom.ETKDGv3()

  7. m=Chem.MolFromMolFile(P('./2d.mol').as_posix())
  8. mh = Chem.AddHs(m)
  9. _cid=rdDistGeom.EmbedMultipleConfs(mh, numConfs=20, params=etkdg)
  10. Chem.MolToMolFile(mh,'3d.mol')
复制代码




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