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标题: 如何解决使用sobtop生成改性二氧化硅itp后，npt对体系控压时盒子膨胀的问题 [打印本页]

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Author: ZINCxxy 时间: 2023-10-28 16:19
标题: 如何解决使用sobtop生成改性二氧化硅itp后，npt对体系控压时盒子膨胀的问题
本帖最后由 ZINCxxy 于 2023-11-2 15:27 编辑

老师好，大家好，我使用中http://sobereva.com/soft/Sobtop/例9生成普通SiO2的itp，npt控压正常，油水贴合，真空区域被压缩。
但使用sobtop生成改性的SiO2-OH，油水两相并未压缩贴合，反倒是急剧地反向膨胀，分子越离越远；
两种体系建模方法相同，mdp也相同，只是换成了改性的SiO2，dat文件中的参数是按照例9中文献的参数设置的，目前还不知道问题出在哪，希望得到大家指点
图1为初始时的快照；图2为运行200ps npt的快照；图3为dat文件中的参数。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-30 03:27
没具体信息没法说
通常要么拓扑文件形式不对，要么参数没写对（注意单位、gmx用的公式形式和文献的差异等），要么拓扑文件和结构文件不对应
反复调整并反复测试总能找到原因。并且尝试简化体系便于排查，诸如只有改性的SiO2和一开始就紧贴着它的水层，看MD能跑成什么样。

作者
Author: ZINCxxy 时间: 2023-10-30 22:50
本帖最后由 ZINCxxy 于 2023-10-31 18:56 编辑

sobereva 发表于 2023-10-30 03:27
没具体信息没法说
通常要么拓扑文件形式不对，要么参数没写对（注意单位、gmx用的公式形式和文献的差异等 ...

好的，明白了，谢谢老师

作者
Author: ZINCxxy 时间: 2023-10-31 18:58

sobereva 发表于 2023-10-30 03:27
没具体信息没法说
通常要么拓扑文件形式不对，要么参数没写对（注意单位、gmx用的公式形式和文献的差异等 ...

卢老师好，我尽自己的能力把可能的因素都细致地排查了一遍，奈何自己才疏学浅还是没能将问题找出并解决。npt模拟结果还是盒子剧烈膨胀，npt的控压没把真空压缩掉。我已经上传了有关模拟的文件，希望卢老师能在百忙之中抽出时间帮忙看一下，非常感谢您！

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