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标题: materials studio对packmol产生的聚合物盒子优化后CO键的键长变得很长？ [打印本页]

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-28 16:39
标题: materials studio对packmol产生的聚合物盒子优化后CO键的键长变得很长？
各位老师同学们好，我首先使用materials studio建立了聚合物的单链（20个重复单元），然后将其保存为PDB文件。使用packmol建立了一个含有10条链的聚合物盒子.在MS中打开刚用packmol建立的盒子还挺正常，我对其使用build功能中的crystals建立周期性体系。对该盒子进行结构优化后发现原本的碳氧键键长变为约3.044埃米，显然不合理。请问这种情况是因何造成的呢？

作者
Author: naoki 时间: 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-28 16:59

naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

好的我试试看先谢谢您

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-28 17:08

naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

你好，我尝试了一下，键长依旧会增长到2点多3点多

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-10-28 17:19
查看一下，模型优化前的碳氧键是C=O双键，而不是C-O单键

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-28 19:58

ZZU_SCU 发表于 2023-10-28 17:19
查看一下，模型优化前的碳氧键是C=O双键，而不是C-O单键

你太强了哥！我忘记检查这个了，MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。我更改了一开始的键的类型，结构优化就正常啦！谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-28 23:55
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-29 02:10

sobereva 发表于 2023-10-28 23:55
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的sob老师

没看清楚，光看到要体现是求助的文字别产生歧义了... 下次明白了~

作者
Author: anananante 时间: 2024-8-21 17:16

liu840397562 发表于 2023-10-28 19:58
你太强了哥！我忘记检查这个了，MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。我更改了一开始的键的 ...

请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的？发现一堆键全变成单键了也改不回去

作者
Author: 294459463 时间: 2025-3-13 08:17

anananante 发表于 2024-8-21 17:16
请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的？发现一堆键全变成单键了也改不回去

大佬您解决这个问题了嘛，我也遇到这个问题了

作者
Author: anananante 时间: 2025-3-24 10:46

294459463 发表于 2025-3-13 08:17
大佬您解决这个问题了嘛，我也遇到这个问题了

现在不用这个方法了，可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法，需要ms的建模可以导出car文件之后用LUNAR包里面的all2lmp转data，或者用EMC的insight2lmp都可以直接生成data

作者
Author: 294459463 时间: 2025-3-25 11:17
本帖最后由 294459463 于 2025-3-25 11:29 编辑

anananante 发表于 2025-3-24 10:46
现在不用这个方法了，可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法，需要ms的建 ...

好的谢谢大佬，我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子，分别用autoff分配力场后导出了文件，然后使用packmol给这些分子打包建模，在这里我有一个问题想请教一下，就是这个新建立的盒子的pdb文件，然后后面我就不太清楚如何操作了，怎么把两个分子的it文件合在一起并且根据这个新的pdb文件进行修改呢？

像下面的只需要重新写一个system.lt，打包后用moltemplate运行一下就好了嘛？

作者
Author: anananante 时间: 2025-3-28 14:55

294459463 发表于 2025-3-25 11:17
好的谢谢大佬，我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子，分别用autoff分配力场后导出了文件， ...

https://www.bilibili.com/video/B ... 2a42fbaa018efb5b689
照着视频一步一步来就好啦，注意两边一定要对应好

作者
Author: 294459463 时间: 2025-4-1 11:51

anananante 发表于 2025-3-28 14:55
https://www.bilibili.com/video/BV1rPf7YgEWh/?spm_id_from=333.1391.0.0&vd_source=7387e992296ba2a42f ...

好的好的感谢您

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