CentOS 8 Stream安装Gromacs2018.8遇到的问题 - 计算化学公社

注4：编译GROMACS的MPI版本
GROMACS跨节点并行计算需要MPI库，支持OpenMPI>=1.6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库，这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本，解压并进入此目录后运行以下命令，就会编译并安装OpenMPI到/sob/openmpi目录：
./configure --prefix=/sob/openmpi
make all install -j
之后在用户目录下的.bashrc末尾加入以下两行
export PATH=$PATH:/sob/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi/lib
然后重新进入终端使以上语句生效。之后编译GROMACS的方法同前，但在cmake3那一步额外加上-DGMX_MPI=ON选项。编译出来的可执行文件是gmx_mpi，比单机版本的可执行文件多了_mpi后缀。运行时候使用比如这样的命令：mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun。
注：对于root用户，OpenMPI要求每次执行mpirun命令都得带着-allow-run-as-root选项才行，这很烦人，但可以通过在编译OpenMPI之前修改OpenMPI的源代码来避免，见《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》（http://sobereva.com/409）。

顺带一提，笔者在答疑时经常看到有人明明用的是单机并行，却非要装个MPI版GROMACS，这需要批评。因为这不仅需要多做一步，而且比起用默认方式基于thread-MPI和OpenMP的并行方式效率还更低，因此单机并行装MPI版完全是自取其辱。

snljty2 发表于 2023-10-28 23:28
认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。

lyj714 发表于 2023-10-29 13:58
既然都开了mpi选项，所有的gmx命令都必须用gmx_mpi方式调用。所以没问题，gmx_mpi --version

snljty2 发表于 2023-10-28 23:28
认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。