计算化学公社

标题: 请教CI-NEB计算时怎么观察计算过程合不合理 [打印本页]

作者
Author: limen 时间: 2023-10-29 09:11
标题: 请教CI-NEB计算时怎么观察计算过程合不合理
请教各位老师，CP2K的CI-NEB计算时，由于计算时间长，想观察计算过程合不合理，以防浪费时间，有什么方法吗？

作者
Author: 丁越 时间: 2023-10-29 11:34
提取最新一步CI-NEB的每个image的能量（xxx-1.ener文件中提取能量数据），然后用如gnuplot画图，判断曲线形状是不是为抛物线形状，并结合优化过程的轨迹判断过渡态是否合理。下面的代码中假设你有4个images:

tail -1 neb-1.ener |awk '{print $2,"\n",$3,"\n",$4,"\n",$5}' > test.dat

复制代码

gnuplot绘图命令：

gnuplot> plot 'test.dat' w lp lw 2 pt 7 not

复制代码

另外，你也可以观察所有image在优化过程中的变化，看看能量是不是都慢慢降低并且没有什么突然的跳跃，用gnuplot绘图的话用下面的代码：

gnuplot> plot [1:10] for [i=2:5] 'neb-1.ener' u 1:i w l lw 2 t 'image'.i

复制代码

其中[1:10]指的是neb-1.ener数据中我只想看第1到10步优化过程的能量变化，要看所有优化步的能量变化[1:10]不写即可

作者
Author: limen 时间: 2023-10-29 19:48

丁越发表于 2023-10-29 11:34
提取最新一步CI-NEB的每个image的能量（xxx-1.ener文件中提取能量数据），然后用如gnuplot画图，判断曲线形 ...

老师，image是指副本吗

作者
Author: 丁越 时间: 2023-10-29 21:21

limen 发表于 2023-10-29 19:48
老师，image是指副本吗

是

作者
Author: 阿司匹林泡腾片 时间: 2023-10-30 10:38
用nebef.pl脚本看能量变化也行，楼上这位老师的方法更直观

作者
Author: Little-Extra 时间: 2023-10-30 15:31
1，nebef.pl 可直接看能量。
2，vaspkit 504可以将NEB所有点的结构导出一个pdb文件，用VMD观看每一步结构是否合理。

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