计算化学公社

标题: 复合物分子模拟添加离子时报错：坐标数不匹配 [打印本页]

作者
Author: sljm 时间: 2023-10-29 15:10
标题: 复合物分子模拟添加离子时报错：坐标数不匹配
本帖最后由 sljm 于 2023-10-29 15:12 编辑

在添加离子时运行：gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错：Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 3286)
does not match topology (topol.top, 4360)
检查过了拓扑文件[molclus]和各itp中[moleculetype]中的分子数目一致的，差值差1074不知道是不是出现问题在#include "tip4p.itp"这里

unk原子数目11，1AKI原子数目53

前面运行的命令：gmx editconf -f1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

gmx solvate -cp1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top

gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错

请大家帮忙看看，多谢！

作者
Author: sljm 时间: 2023-10-29 16:01
已解决，spc216三点水不能用tip4p.itp，可以用tip3p.itp

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)