计算化学公社

标题: 求助Lobster计算COHP时程序不考虑PBC [打印本页]

作者
Author: shinkon 时间: 2023-10-29 22:37
标题: 求助Lobster计算COHP时程序不考虑PBC
背景：计算一个大体系的COHP，使用的是Lobster下载的最新版5.0.0
问题：在vesta里确定了需要计算的原子对的序号之后输入到lobsterin里，但检查输出的icohplist的时候，发现其中几个在盒子边缘的原子，程序并未考虑PBC而是直接选取了胞内的较远距离的原子对。请问是否是这个版本的bug呢

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Author: nullzy 时间: 2023-10-30 10:53
是的，软件老毛病了，定义一个合适的键长范围，使用cohpGenerator from distance 1 to distance 2 type A type B，防止这种情况发生

作者
Author: shinkon 时间: 2023-10-30 17:24

nullzy 发表于 2023-10-30 10:53
是的，软件老毛病了，定义一个合适的键长范围，使用cohpGenerator from distance 1 to distance 2 type A t ...

是的，找到了版里的一个贴子说了这个方法，确实可行。幸好我是低浓度掺杂只有一个掺杂原子

作者
Author: 夜灯-小凡 时间: 2024-12-25 11:26
方便问一下楼主的体系有多少个原子吗？我有个200个原子的体系，算COHP的速度好慢，一个小时都没动

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Author: shinkon 时间: 2024-12-31 02:52

夜灯-小凡发表于 2024-12-25 11:26
方便问一下楼主的体系有多少个原子吗？我有个200个原子的体系，算COHP的速度好慢，一个小时都没动

你没有用线程并行吧……

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