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标题: 关于sobtop的使用问题 [打印本页]

作者
Author: bgs 时间: 2023-10-30 11:11
标题: 关于sobtop的使用问题
各位老师好！  关于sobtop的使用有一些问题
1.关于输入文件.mol2。sobereva老师在练习文档中说.mol2文件都是由Gaussian优化结构得到的。“练习：examples\exercise\COBH3.mol2是用Gaussian在B3LYP/def2-TZVP级别下优化好的COBH3分子对应的mol2文件，请读者对它效仿本节的步骤产生拓扑文件。”
问题

a：分子结构必须经由Gaussian优化得.mol2  才能用sobtop吗？我不经由Gaussian，用ms绘制结构导出.mol2 用sobtop也能正常生成.gro、.top、.itp文件。

b：我尝试用Gaussian优化分子结构
用的g16版本，因为第一次用Gaussian。不太明白def2tzvp这个基组在g16版本中内置在哪儿看了半天就采用了下面这个计算但一直报错（我总感觉使用得有问题）
--------------------------------------------------------------------------------------
%mem=150MW
%chk=C:\Users\30256\Desktop\1\W.chk
# opt freq b3lyp/gen geom=connectivity def2tzvp

Title Card Required

----------------------------------------------------------------------------------
报错内容
Rotational constants (GHZ):          0.0036041          0.0018704          0.0015372
Standard basis: ???? (5D, 7F)
IBasis= 51 is unrecognized in AtmBas.
Error termination via Lnk1e in D:\D\G16W\l301.exe at Mon Oct 30 10:52:08 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.0 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 106 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: snljty2 时间: 2023-10-30 11:28
a. 不需要是优化好的结构，只要这个结构基本合理，让sobtop能判断出正确合理的键连关系就行。但是如果你初始结构太差，后面用来算RESP也不合理。总之一般来说你用适合去算RESP电荷的结构存成.mol2，交给sobtop就不会有问题的。
b. 如果你要自定义基组就别写def2TZVP，要是所有原子都用def2-TZVP（Gaussian里关键词写作def2TZVP）就别写Gen。基组就是写在关键词行，和你用别的基组比如6-31G*写的位置是一样的。下面两种写法都是可以的：B3LYP/def2TZVP或者B3LYP def2TZVP。

作者
Author: bgs 时间: 2023-10-30 11:37

snljty2 发表于 2023-10-30 11:28
a. 不需要是优化好的结构，只要这个结构基本合理，让sobtop能判断出正确合理的键连关系就行。但是如果你初 ...

好的，非常感谢解答！！！！！！

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