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标题: 建立离子型表面活性剂拓扑文件遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-10-30 11:32
标题: 建立离子型表面活性剂拓扑文件遇到的问题
我建立阳离子十六烷基三甲基氯化氨拓扑文件的过程：1、现在gv画出带正电的不包含氯离子的结构如下图；2、用Multiwfn结合RESP2脚本：./RESP2.sh CTAC+.mol2 1 1 计算电荷；3、用Sobtop构建CTAC+的拓扑文件。
存在问题：1、请问各位老师，这个流程将阴阳离子分别建模并分别建立拓扑文件可以吗？
2、计算RESP2电荷时，不同亚甲基的碳氢原子所带的电荷量不相同，这个是正常的吗？
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-31 06:31
阳离子没问题。氯阴离子直接用ions.itp里的拓扑信息就行了，不需要额外建立

本身当前体系中所有CH2都不是化学等价的，原子电荷必然会存在差异

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-11-1 12:58

sobereva 发表于 2023-10-31 06:31
阳离子没问题。氯阴离子直接用ions.itp里的拓扑信息就行了，不需要额外建立

本身当前体系中所有CH2都不 ...

收到，谢谢sob社长答疑解惑

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