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标题: AOCC—AOCl 4.0 安装VASP 6.4.2 [打印本页]

作者
Author: Janus 时间: 2023-10-30 11:48
标题: AOCC—AOCl 4.0 安装VASP 6.4.2
本帖最后由 Janus 于 2023-10-30 12:03 编辑

AMD的9654成为最近热议话题，随Zen4一同到来的还有AMD开发的aocc和aocl，以及vasp官方所提供的基于aocc和aocl编译的makefile.include模板。
我花费半个小时把AOCC 和AOCL编译的教程整理了哈，发出来，抛砖硬玉，希望牛人提出改进和调优的方法。
所需软件：
1. VASP 6.4.2 （没有最新代码的，可以考虑闲鱼、淘宝等手段淘一个源码，价格不会超过20）；
2. AOCC AOCl 最好是最新版；
3. GLIBC 2.27及以上，这个好像有要求，我周末尝试了超算上编译，能能成功编译，但是运行各种bug；
4. 如果系统较新、或者有root权限，就没啥问题。超算上的系统实在太古老了，可以考虑singularity镜像。

安装过程（主要借鉴知乎上：“AMD全家桶（AOCC+AOCL）编译vasp.5.4.4”）：
1. AOCC安装：解压AOCC，./install.sh安装，然后source setenv_AOCC.sh 配置环境。which clang 查看是否已经成功安装。
2. AOCL安装：解压AOCL，./install.sh -t /opt/xxx 安装到指定路径；进入到安装的路径，source amd-libs.cfg 配置AOCL的环境。
3. OpenMPI安装：解压安装文件，./configure CC=clang CXX=clang++ FC=flang --prefix=/xxxx；make && make install (注：知乎教程中CC=clang....写在前面，会导致安装opemmpi不会调用clang等)；指定哈路径：MPI_HOME=/usr/local； export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH； export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH； export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH
4. 安装vasp：检查一下环境，which mpirun， which clang....
修改template file，arch中有makefile.include.aoccxxxx，进去把aocl的路径文件写进去就ok了。
VASP_TARGET_CPU ?= -march=znver4
BLAS, LAPACK, scalAPACK, FFTW的root file 的位置，都写成aocl的文件夹的绝对位置。
给个例子：AMDSCALAPACK_ROOT ?= /opt/amd/aocl.4.1.0/4.1.0/aocc

改完以后，make all 就能编译了。

注：
1. 上述教程并非原创，参考了知乎“AMD全家桶（AOCC+AOCL）编译vasp.5.4.4”的绝大部分内容，若有任何侵权，请联系我，我立刻做删除处理；
2. 写的比较简单，建议稍微有点安装基础的用户尝试；
3. 系统过于老旧，失败概率非常大，可以考虑singularity，具体方法同上，只是找一个有root权限的机器即可；
4. 安装vasp的时候，并行编译很可能会报错，例如使用 make -j20之类的。建议不要并行；
5. Openmpi编译有两种，可以设置MPI+OPENMP，整体过程同上，在arch用另外一个模板就行；
6. Intel下，mpirun -np xxx 基本上就能让运行速度大差不差的，但是amd下可能需要设置哈，具体设置方法可以参考“AMD EPYC 9754 & 9654基准测试：量子化学和第一性原理计算程序”；
7. keinsci中已经有几个安装教程，希望结合起来看看，安装没问题。
8. 整个过程耗时在1小时以内，Openmpi耗时会长一点，建议并行可大幅缩短时间，例如 make -j40；vasp这一步，可以先 make all -j4，报错后不make veryclean，直接 make all。这种方法对测试没问题，如果打算长时间用，还是就挂一个screen，让软件慢慢编译吧。
9. 编译的系统：我是租了个工作站，让安装的是ubuntu 22.04，有root权限，拿回来后update gfortran gcc等，update了必要的库。然后就开始安装了。碰到问题，就apt-get install 或者update一下，这些也没做记录，不记得了。

最后：希望这个帖子能把玉引出来；在AMD服务器下，软件的安装、调优方法以及各类tricks 较intel少很多，希望懂行的人能够分享一点经验，让服务器运行的更快、更稳、更简单。

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-10-30 12:10
感谢楼主，速度如何，尤其是相比于intel oneapi那一套？

作者
Author: Janus 时间: 2023-10-30 16:07

Weldingspock 发表于 2023-10-30 12:10
感谢楼主，速度如何，尤其是相比于intel oneapi那一套？

我是之前考虑买amd还是intel，租了3小时的机器，测了哈单路9654的性能。跑了几个自己常用的vasp小任务，能打过双路8375C和双路8336C。CP2K完胜双路8375C。其他的没有测试。

作者
Author: zhaovic 时间: 2023-10-30 17:02
前段时间折腾了下自己的7950x，有的任务比oneapi快有的比oneapi慢，没找到原因。

作者
Author: ggdh 时间: 2023-10-30 21:09
直接把标题改成aocc 4.1得了。。

作者
Author: Janus 时间: 2023-10-30 22:34

zhaovic 发表于 2023-10-30 17:02
前段时间折腾了下自己的7950x，有的任务比oneapi快有的比oneapi慢，没找到原因。

用intel mkl建议选择 2020年之前的parallel studio，然后export xxx =5， export xxx，强制调用avx 2
现在基于amd的超算都是这么干的，好像速度比oneapi快。

作者
Author: Quantum198907 时间: 2023-10-31 00:29
安装openmpi（v4.1.5）的时候出现如下报错，真的头大。去掉FC=flang选项就可以了，求助啊！
*********************************************************************
* It appears that your Fortran compiler is unable to produce working
* executables.  A simple test application failed to properly
* execute.  Note that this is likely not a problem with Open MPI,
* but a problem with the local compiler installation.  More
* information (including exactly what command was given to the
* compiler and what error resulted when the command was executed) is
* available in the config.log file in the Open MPI build directory.
**********************************************************************
configure: error: Could not run a simple Fortran program.  Aborting.

作者
Author: Janus 时间: 2023-10-31 08:25

Quantum198907 发表于 2023-10-31 00:29
安装openmpi（v4.1.5）的时候出现如下报错，真的头大。去掉FC=flang选项就可以了，求助啊！
************* ...

不知道耶，我是从一个干净的系统安装的。
flang？试着which gfortran ？是不是没装gfortran？
具体我不了解

作者
Author: Quantum198907 时间: 2023-11-4 20:10

Janus 发表于 2023-10-31 08:25
不知道耶，我是从一个干净的系统安装的。
flang？试着which gfortran ？是不是没装gfortran？
具体我 ...

都搞好了的

作者
Author: frank0302 时间: 2023-11-23 16:08

Janus 发表于 2023-10-30 16:07
我是之前考虑买amd还是intel，租了3小时的机器，测了哈单路9654的性能。跑了几个自己常用的vasp小任务， ...

HI 我这里有环境但不知道具体如何测试可以一起研究吗？免费算力提供可以联系 13913560476

作者
Author: zmjsce 时间: 2023-12-4 19:58

Quantum198907 发表于 2023-10-31 00:29
安装openmpi（v4.1.5）的时候出现如下报错，真的头大。去掉FC=flang选项就可以了，求助啊！
************* ...

我的系统是Centos Stream
遇到这个问题后，yum install gcc-gfortran。
然后重新执行configure语句就可以了

作者
Author: xaver2010 时间: 2023-12-16 17:34
大佬方便分享一下您9654服务器的具体配置吗?组里也想配一台,谢谢.另外,它会不会噪声特别大,放办公室合不合适?

作者
Author: Janus 时间: 2023-12-18 18:27

xaver2010 发表于 2023-12-16 17:34
大佬方便分享一下您9654服务器的具体配置吗?组里也想配一台,谢谢.另外,它会不会噪声特别大,放办公室合不合 ...

我配的是单路9654，384G三星内存，2T 固态，超微的主板。
因为是机架式的，声音有点大
放办公室，塔式声音可能小点，您问问商家

作者
Author: xaver2010 时间: 2023-12-18 22:58

Janus 发表于 2023-12-18 18:27
我配的是单路9654，384G三星内存，2T 固态，超微的主板。
因为是机架式的，声音有点大
放办公室，塔式 ...

嗯嗯，好叻，谢谢谢谢

作者
Author: 雾雨魔理沙 时间: 2023-12-28 17:08

zhaovic 发表于 2023-10-30 17:02
前段时间折腾了下自己的7950x，有的任务比oneapi快有的比oneapi慢，没找到原因。

请问一下，你装的是什么系统？

作者
Author: ggshining 时间: 2024-1-22 11:58

Quantum198907 发表于 2023-10-31 00:29
安装openmpi（v4.1.5）的时候出现如下报错，真的头大。去掉FC=flang选项就可以了，求助啊！
************* ...

请问下这个问题解决了吗？
我也碰到这个问题，which gfortran gcc c++ g++都是有位置的，都装好了，还是报错

作者
Author: 云空 时间: 2024-2-13 15:10
楼主请问下我是7950x和ubuntu22.04安装的，直接mpirun -np 16运行速度非常慢，很久才多一步，请问是哪里有问题吗

作者
Author: zhaovic 时间: 2024-2-19 16:17

雾雨魔理沙发表于 2023-12-28 17:08
请问一下，你装的是什么系统？

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