计算化学公社

标题: 怎样通过计算获得不同异构体之间的比例 [打印本页]

作者
Author: xujian 时间: 2016-9-18 16:10
标题: 怎样通过计算获得不同异构体之间的比例
最近在文献中看到通过计算构型异构体之间的相对比例与实验的结果作对比，来得出哪种方法的计算结果更贴近实验，请问各位前辈，如何通过计算获得不同异构体组成的比例，麻烦不吝赐教，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-18 16:24
用较好方法计算自由能，然后按照此文方法换算
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

自由能的计算建议看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

作者
Author: xujian 时间: 2016-9-18 16:46

sobereva 发表于 2016-9-18 16:24
用较好方法计算自由能，然后按照此文方法换算
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobere ...

谢谢sob老师，祝好！

作者
Author: xiaobing 时间: 2017-6-7 08:56
楼主，麻烦说一下具体的计算过程好吗？谢谢

作者
Author: xujian 时间: 2017-6-7 09:22

xiaobing 发表于 2017-6-7 08:56
楼主，麻烦说一下具体的计算过程好吗？谢谢

(, 下载次数 Times of downloads: 49)
根据以上公式，算出每个构象与所有构象的比值。或者也可以算各个构象与能量最低的构象的比值，比如相对能量为deltaE的话，比值应该就是e^(-deltaE/RT)，deltaE单位取kcal/mol，R=0.0019858995

对于小体系，建议直接用热力学组合方法如CBS-QB3计算自由能

作者
Author: xiaobing 时间: 2017-6-7 10:39

xujian 发表于 2017-6-7 09:22
根据以上公式，算出每个构象与所有构象的比值。或者也可以算各个构象与能量最低的构象的比值，比如相对 ...

感谢回复！
我看到文献中是用M06-2x计算的，自己要算的体系有46个原子，用CBS-QB3会更好是吗？

作者
Author: xujian 时间: 2017-6-7 10:50

xiaobing 发表于 2017-6-7 10:39
感谢回复！
我看到文献中是用M06-2x计算的，自己要算的体系有46个原子，用CBS-QB3会更好是吗？

我没有算过这么大的体系，没有经验，感觉这么大的体系热力学组合方法可用CBS-4M

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-7 17:16

xiaobing 发表于 2017-6-7 10:39
感谢回复！
我看到文献中是用M06-2x计算的，自己要算的体系有46个原子，用CBS-QB3会更好是吗？

CBS-QB3显然好得多得多，但根本算不动这么大的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)