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标题: cp2k对250个原子的高熵合金优化时出现“exited on signal 9(killed)”报错怎么解决？ [打印本页]

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-10-30 20:23
标题: cp2k对250个原子的高熵合金优化时出现“exited on signal 9(killed)”报错怎么解决？
各位老师好！我在使用CP2K尝试对250个原子(5种元素)的高熵合金超胞进行原子坐标和晶胞优化时出现了"mpirun noticed that process rank 2 with pid 0 on node hx-ubt exited on signal 9 (killed)."的报错，请问各位老师这可能是什么原因造成的？该怎么解决呢？以下附上我的out文件和报错截图。希望各位老师能指点一下。
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Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-10-30 22:45
你的MPI设置有问题吧，命令行里-n 44，输出第15行怎么显示只有一个MPI进程？
命令行里加个--map-by core试试。

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-10-31 10:22

啊不错的飞过海发表于 2023-10-30 22:45
你的MPI设置有问题吧，命令行里-n 44，输出第15行怎么显示只有一个MPI进程？
命令行里加个--map-by core试 ...

老师好，我用了--map by core也没用，当我尝试用-n 4时，top命令显示有4个进程占用率100%，但没过多久程序就会报相同错误，并且我看out文件里依旧是只有一个MPI进程，请问还有其他办法吗？会不会是我编译cp2k的时候程序没编译对。。。。

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Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-10-31 13:00

墨茶茶发表于 2023-10-31 10:22
老师好，我用了--map by core也没用，当我尝试用-n 4时，top命令显示有4个进程占用率100%，但没过多久程 ...

你就是那个mpich和openmpi都装了的那个是吗，尝试ldd /path/to/cp2k.psmp排查下cp2k链接情况，以及which mpirun看看你在用哪个mpi，我猜链接的和在用的不是一套

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-10-31 16:24

啊不错的飞过海发表于 2023-10-31 13:00
你就是那个mpich和openmpi都装了的那个是吗，尝试ldd /path/to/cp2k.psmp排查下cp2k链接情况，以及which ...

老师您好！我按您的建议排查了一下，好像我的psmp版本的cp2k没装上去，which mpirun出来的结果也还是链接着系统之前自带的mpi(好像)。然后我跑了一下ssmp版本，ssmp好像又没有问题，我有些困惑不知道该如何解决，麻烦您指点以下。以下是我的排查结果照片和ssmp版本跑出的out：
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Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-10-31 18:23
你source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup试试看。ssmp的有什么问题吗？
以及，/path/to替换成你的可执行文件的实际位置。

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-10-31 21:43

啊不错的飞过海发表于 2023-10-31 18:23
你source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup试试看。ssmp的有什么问题吗？
以及，/path/to替换成你的 ...

老师您好，我按您的建议source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup之后没有效果，之后我又ldd和which了一下，我发现链接和在用的mpi确实不是同一套，命令反馈如下。之后我干脆把原先装好的cp2k卸载了重新装，/install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install。其中GCC和其他部分没有问题，但编译到ELPA的时候出现了如下错误，我对该错误没有头绪，请问您知道该怎么解决吗？麻烦老师您了！
which反馈 (, 下载次数 Times of downloads: 12)
ldd命令的反馈 (, 下载次数 Times of downloads: 13)
ELPA编译报错 (, 下载次数 Times of downloads: 11)

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-10-31 22:30

啊不错的飞过海发表于 2023-10-31 18:23
你source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup试试看。ssmp的有什么问题吗？
以及，/path/to替换成你的 ...

老师您好，我在网上查询了一番，对于我出现的这个error的搜索结果较少，我看到有一个说法是我的gfortran版本不支持“use mpi”这个语法，我不知道是不是这个的原因，以下附上我的gfortran版本截图。 (, 下载次数 Times of downloads: 12)

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Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-11-2 02:07

墨茶茶发表于 2023-10-31 21:43
老师您好，我按您的建议source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup之后没有效果，之后我又ldd和which ...

不一定是gfortran的问题，看看elpa安装目录底下的config.log，有时候一些检查项目之外的问题也会导致过不了configure。以及检查下/usr/lib，可能你装在/usr底下的这个mpi没有mpi.mod。

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Author: 墨茶茶 时间: 2023-11-15 16:47

啊不错的飞过海发表于 2023-11-2 02:07
不一定是gfortran的问题，看看elpa安装目录底下的config.log，有时候一些检查项目之外的问题也会导致过不 ...

不好意思老师忘了回复您了，我当时试了好多方法，发现应该就是mpi配置的问题，但由于我手头这台工作站使用年限也比较长了，经手的人也比较多，系统没人维护，里面各种各样的问题都有，由于老板也在用我又没办法重装系统，我尝试了很多配置mpi的方法都不能通过编译，所以我最终放弃在这台工作站上编译CP2K了

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