计算化学公社

标题: 想请教关于gromacs中的rmsd和rmsf的相关问题 [打印本页]

作者
Author: nakanosora 时间: 2023-10-30 21:12
标题: 想请教关于gromacs中的rmsd和rmsf的相关问题
在完成分子动力学模拟后，我得到了轨迹文件md_0_100.xtc，此时我又运行了以下命令校正周期性边界，执行旋转和平移拟合
1.   gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
   选择 1“Protein” for centering ; 0“System” for output
   得到了 md_0_100_center.xtc文件
2.  gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o md_0_100_fit.xtc -fit rot+trans
   选择 4“Backbone” to perform least squares fitting to the protein backbone, and 0“System” for output.
   得到了 md_0_100_fit.xtc文件
现在我有三个轨迹文件md_0_100.xtc，md_0_100_center.xtc， md_0_100_fit.xtc，请问我该用哪个文件进行RMSD和RMSF的计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-31 05:49
无所谓，蛋白内部结构都一样，没差别

作者
Author: nakanosora 时间: 2023-10-31 09:08

sobereva 发表于 2023-10-31 05:49
无所谓，蛋白内部结构都一样，没差别

好的，感谢老师

作者
Author: yjiang22 时间: 2023-11-6 11:57
初学者有问题想要请教，得到轨迹文件之后用什么软件进行RMSD和RMSF的计算呢？

作者
Author: nakanosora 时间: 2023-12-18 11:05

yjiang22 发表于 2023-11-6 11:57
初学者有问题想要请教，得到轨迹文件之后用什么软件进行RMSD和RMSF的计算呢？

也是用gromacs里的命令计算的gmx rms和gmx rmsf

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-2-24 19:13

nakanosora 发表于 2023-12-18 11:05
也是用gromacs里的命令计算的gmx rms和gmx rmsf

是不是它们差不多，只是命令不太一样一个是rmsd一个是rmsf,生成ndx的过程是一样的，因为我现在rmsd了解了一点，但是rmsf还没接触，先谢谢大佬解答了

作者
Author: tptp 时间: 2025-2-25 16:04

王肖索发表于 2025-2-24 19:13
是不是它们差不多，只是命令不太一样一个是rmsd一个是rmsf,生成ndx的过程是一样的，因为我现在rmsd了解了 ...

ndx文件是模拟之前就已经生成了的，rmsd和rmsf生成的是xvg文件

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-2-26 11:52

tptp 发表于 2025-2-25 16:04
ndx文件是模拟之前就已经生成了的，rmsd和rmsf生成的是xvg文件

感谢解答

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