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标题: 求助，水结冰后盒子变化幅度大 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-10-31 16:41
标题: 求助，水结冰后盒子变化幅度大
本帖最后由非好汉于 2023-11-2 10:07 编辑

请问各位大佬，我做了60ns水结冰的模拟，在30ns左右就基本结冰了，后面30ns盒子振动幅度大。盒子大小为3.62nm,2.95nm,8.0nm。选用半各向同性控压。
pcoupltype = semiisotropictau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5
以下是振动的图片，和密度随时间变化图，请问大佬们这是哪里有问题。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-2 08:39
上传mdp，体现用的什么压浴

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-11-2 10:09
本帖最后由非好汉于 2023-11-2 10:15 编辑

sobereva 发表于 2023-11-2 08:39
上传mdp，体现用的什么压浴

好的，老师，已上传使用的em,npt,md的mdp文件，但是此处的em没有设置柔性水，不知道这有没有影响。我又做了em中设置柔性水的，还是会有一定幅度的振动，有时振动频率很快。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-2 16:00
跟em没关系
改用berendsen或c-rescale压浴再试

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-11-2 16:30

sobereva 发表于 2023-11-2 16:00
跟em没关系
改用berendsen或c-rescale压浴再试

好的，谢谢老师，我试试

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