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标题: colvar结合gromacs计算单粒子通过纳米孔PMF的colvar.dat文件应该怎么写 [打印本页]
作者
Author: thor    时间: 2023-10-31 20:45
标题: colvar结合gromacs计算单粒子通过纳米孔PMF的colvar.dat文件应该怎么写
体系如下图所示
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现在想计算粒子穿过纳米孔的PMF，自己写的colvar.dat内容如下，但是输出的pmf为一条直线不知道问题出在那里
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作者
Author: fhh2626    时间: 2023-11-1 15:17
distanceXY方向上还要有约束，不然实现不了穿洞
作者
Author: thor    时间: 2023-11-3 09:40
本帖最后由 thor 于 2024-1-27 09:41 编辑

我之前在mdp文件中固定了该分子的xy坐标，好像是实现了穿洞，但是结果是一条直线。我也尝试定义distanceXY，但是不太明白其中的上下界是怎么定义
作者
Author: thor    时间: 2024-1-27 09:38
fhh2626 发表于 2023-11-1 15:17
distanceXY方向上还要有约束，不然实现不了穿洞

@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是out.metadynamics1.pmf（这个应该是meta-eABF输出的pmf吧）输出的很不一样，差别很大，我使用的设置参考了您的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0805&highlight=EABF，您看看是不是有什么不对的地方

  1. colvarsTrajFrequency    20000
  2. colvarsRestartFrequency 1000000

  4. colvar {
  5.     name gas

  7.     width 0.1
  8.     lowerBoundary -20
  9.     upperBoundary  20
  10.    
  11.     extendedLagrangian on
  12.     extendedFluctuation 0.1
  13.     extendedTimeConstant   200
  14.    
  15.     subtractAppliedForce   on
  16.     expandboundaries    on

  18.     distanceZ {
  19.          main {
  20.             atomNumbers 405
  21.         }
  22.          ref {
  23.             dummyAtom (0, 0, 0)
  24.         }
  25.           axis (0.0, 0.0, 1.0)
  26.           #forceNoPBC       no
  27.     }

  29. }

  31. colvar {
  32.     name gas_xy

  34.     width 0.1
  35.     lowerBoundary 0
  36.     upperBoundary 0.001
  37.    
  38.     extendedLagrangian on
  39.     extendedFluctuation 0.1
  40.     extendedTimeConstant   200
  41.    
  42.     subtractAppliedForce   on
  43.     expandboundaries    on
  44.    
  45.     distanceXY {
  46.          main {
  47.             atomNumbers 405
  48.         }
  49.          ref {
  50.             dummyAtom (0, 0, 0)
  51.         }
  52.     }

  54. }

  56. harmonicWalls {
  57.     name walls
  58.     colvars gas gas_xy
  59.     lowerWalls -20 0
  60.     upperWalls  20 0.001
  61.     forceConstant 10.0
  62. }


  65. abf {
  66.     name abf
  67.     colvars gas
  68.     fullsamples 500
  69.     historyFreq 1000000
  70.     writeCZARwindowFile on
  71.     CZARestimator on  
  72. }

  74. metadynamics {
  75.   colvars gas
  76.   hillwidth  5
  77.   hillweight  0.1
  78.   welltempered   on
  79.   biastemperature  4000
  80. }
复制代码

作者
Author: fhh2626    时间: 2024-1-28 11:43
thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

out.metadynamics1.pmf没用，不用管
作者
Author: thor    时间: 2024-1-28 12:24
fhh2626 发表于 2024-1-28 11:43
out.metadynamics1.pmf没用，不用管

那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？
作者
Author: fhh2626    时间: 2024-1-29 09:35
thor 发表于 2024-1-28 12:24
那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？

对的
作者
Author: qmlearner    时间: 2025-1-17 11:30
本帖最后由 qmlearner 于 2025-1-17 11:37 编辑
thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？
作者
Author: thor    时间: 2025-1-17 17:37
qmlearner 发表于 2025-1-17 11:30
请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？

参考坐标
作者
Author: 海棠依旧cdut    时间: 2025-1-21 11:31
thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？
作者
Author: thor    时间: 2025-1-26 16:46
海棠依旧cdut 发表于 2025-1-21 11:31
请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？

集合变量名gas_xy，harmonic_wall对gas_xy施加约束



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