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标题: 中间体小分子需要单独做一遍结构优化吗？ [打印本页]

作者
Author: Sandbar 时间: 2023-10-31 21:56
标题: 中间体小分子需要单独做一遍结构优化吗？
本帖最后由 Sandbar 于 2023-10-31 21:56 编辑

同门跟我说在催化剂上的中间体是要在空的晶胞里自己单独优化，然后在把这个优化过后的中间体小分子放在催化剂上结构优化，找出最稳定结构。
可以略过中间体小分子在空的晶胞中的优化，直接在把自己手动调整的小分子放到催化剂上进行结构优化，这样合理吗？

催化剂上的中间体都不能在气相在稳定存在，为什么还要自己单独优化一遍结构？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-2 08:52
没有绝对必要对孤立分子事先做一个单独的优化。
如果是刚性分子，有化学常识的人直接通过GaussView搭出来的结构不会有多诡异
对于柔性分子，本身吸附过程就会影响分子构象

作者
Author: Sandbar 时间: 2023-11-2 21:29
谢谢

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