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标题: 如何得到charmm力场的势函数参数 [打印本页]

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Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-1 21:51
标题: 如何得到charmm力场的势函数参数
本帖最后由 CCFZDLX 于 2023-11-1 21:53 编辑

已知分子结构，包括键角键长等，想获得该分子在charmm力场中的势函数参数，键参数，角参数，除了在文献中找势函数参数外，有师兄说可以在官网得到势函数参数，但是他们不知道方法，请问在官网如何获得呢

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2023-11-2 20:05
最新的CHARMM力场可以从https://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml获得

小分子的力场参数可以用CGenFF或FFParam来生成。
如果是比较简单的小分子，可以直接用CHARMM-GUI的ligand reader生成。

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-6 10:35

chenjinfeng850 发表于 2023-11-2 20:05
最新的CHARMM力场可以从https://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml获得

小分子的力场参数可以用C ...

您好，第一个charmm的官网我这边打不开，然后，您后边说的几种方式有教程参考吗，十分感谢！

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-6 12:46
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom
选择CGenFF力场，电荷选择GNN-RESP

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-17 16:32

slxc920113 发表于 2023-11-6 12:46
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom
选择CGenFF力场，电荷选择GNN-RESP

谢谢，请问这样设置得到的charmm力场参数是可以直接使用吗，我对照了得到的参数的类型和lammps的手册里的公式，但是我感觉不是charmm，求教，再次十分感谢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-17 19:13

CCFZDLX 发表于 2023-11-17 16:32
谢谢，请问这样设置得到的charmm力场参数是可以直接使用吗，我对照了得到的参数的类型和lammps的手册里的 ...

哪里不对？

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-20 09:14

slxc920113 发表于 2023-11-17 19:13
哪里不对？

您好，因为我的理解比较浅，我看参数类型的时候是
pair_style lj/cut/coul/long 8.0 10.0
pair_modify mix geometric
bond_style harmonic
angle_style hybrid
dihedral_style fourier
然后我对照了一下手册的charmm类型，style感觉没有charmm，请问是我的理解有误吗，求指教！

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-20 09:36
dihedral_style fourier 和 dihedral_style charmm的数学形式一样的，并且更加普适。
angle_style hybrid是因为charmm的angle部分是Urey-Bradley形式，也就是angle_style charmm，部分是harmonic形式。
pair_style lj/charmm和普通的pair_style lj/cut在于CHARMM软件的代码中对于过渡区用了不同的单位转换系数，和经典的LJ方法存在非常小的误差，Lammps为了保持和CHARMM软件的输出结果完全一致，就加了一个特殊的pair_style lj/charmm，其实用pair_style lj/cut不会有太大的影响，只相差了千分之一左右。你也可以手动将pair_style lj/cut/coul/long改成pair_style lj/charmm/coul/long

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-11-20 09:46

slxc920113 发表于 2023-11-20 09:36
dihedral_style fourier 和 dihedral_style charmm的数学形式一样的，并且更加普适。
angle_style hybrid ...

charmm力场默认的截断方式就是从1nm到1.2nm之间在受力上使用切换函数来保证切换距离内的势能面的形状和整个势能面及受力的连续。在gmx里面就是Force-Switch方法，还是应该保持一致而不是使用直接截断

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-20 20:32

slxc920113 发表于 2023-11-20 09:36
dihedral_style fourier 和 dihedral_style charmm的数学形式一样的，并且更加普适。
angle_style hybrid ...

十分感谢您的讲解，受益匪浅！

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-11-20 20:33

喵星大佬发表于 2023-11-20 09:46
charmm力场默认的截断方式就是从1nm到1.2nm之间在受力上使用切换函数来保证切换距离内的势能面的形状和整 ...

您好，我不是很明白，请问是pair_style部分应该调整吗，求教

作者
Author: Simll 时间: 2024-8-28 16:47

slxc920113 发表于 2023-11-6 12:46
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom
选择CGenFF力场，电荷选择GNN-RESP

老哥你好，我用这个想生成一种离子型表面活性剂的CGenFF力场参数，比如十二烷基磺酸钠，他这个力场里面没有Na离子的相关参数，这个应该怎么操作呢

作者
Author: xliu97 时间: 2025-3-3 12:40

slxc920113 发表于 2023-11-20 09:36
dihedral_style fourier 和 dihedral_style charmm的数学形式一样的，并且更加普适。
angle_style hybrid ...

您好，您提到了charmm键角部分是Urey-bradley形式，部分是harmonic形式。请问这两个形式在gromacs中itp文件键角部分的funct取的值是一样的？都是5还是有一些区别？我目前在看的一个文献用的是charmm27的力场，在他的键角中有的有θ，Kθ，ub0,kub，这四项，有的键角只有θ和kθ，请问这种情况要如何设置呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-3-3 20:36

xliu97 发表于 2025-3-3 12:40
您好，您提到了charmm键角部分是Urey-bradley形式，部分是harmonic形式。请问这两个形式在gromacs中itp文 ...

可以混用harmonic（func type = 1）和Urey-bradley（func type=5）。
也可以都用Urey-bradley，第三和第四个参数都写0。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 14:46

CCFZDLX 发表于 2023-11-20 20:33
您好，我不是很明白，请问是pair_style部分应该调整吗，求教

你可以试一试lammps后来加的pair_style lj/charmmfsw/coul/long (https://docs.lammps.org/pair_charmm.html)

不过这个pair_style只有kokkos包的加速没有GPU包的加速

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 14:53

Simll 发表于 2024-8-28 16:47
老哥你好，我用这个想生成一种离子型表面活性剂的CGenFF力场参数，比如十二烷基磺酸钠，他这个力场里面没 ...

钠离子的参数在CGenFF的文献里有https://doi.org/10.1002/jcc.21367

SI压缩包里的par_all22_prot.prm找"ions and miscellaneous types"

希望能有帮助

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