计算化学公社

标题: 求助，autodock vina水合对接结果中小分子的结构很不合理，如何修正？ [打印本页]

作者
Author: 郑素娟 时间: 2023-11-2 18:33
标题: 求助，autodock vina水合对接结果中小分子的结构很不合理，如何修正？
本人在使用autodock vina进行水合对接，预估的结合能为正值，打开对接后的小分子结构，发现很优化的结构不太合理，请问这种情况需要用量化软件预优化一下吗？还有一些小分子的水合对接结果，其结合能倒是比较正常，但是水分子添加的位置就很不合理，与小分子离得太近，请问这种情况又改怎么处理呢？有没有遇到过此问题的大神能给一些建议或者是解决方案？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:44
跑跑分子动力学，令结构适当弛豫

作者
Author: 郑素娟 时间: 2023-11-3 09:35

sobereva 发表于 2023-11-3 03:44
跑跑分子动力学，令结构适当弛豫

感谢老大回答，还有一点小小的疑问，对于同一个配体，相较于没有水分子参与的常规分子对接得到的结合能，这种水合对接的结合能可以与之进行数值上的比较吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 04:55

郑素娟发表于 2023-11-3 09:35
感谢老大回答，还有一点小小的疑问，对于同一个配体，相较于没有水分子参与的常规分子对接得到的结合能， ...

我不清楚你说的水合对接具体指什么

作者
Author: 郑素娟 时间: 2023-11-6 15:14

sobereva 发表于 2023-11-4 04:55
我不清楚你说的水合对接具体指什么

您好，我做的水合对接是通过autodock vina软件完成的，是在配体周围添加显示水分子，这些水分子是以冗余原子的形式表现的。然后用配体-水分子整体去和蛋白质进行对接。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 06:33

郑素娟发表于 2023-11-6 15:14
您好，我做的水合对接是通过autodock vina软件完成的，是在配体周围添加显示水分子，这些水分子是以冗余 ...

我不认为这种对接能有什么意义，本身结合过程中水的朝向、位置都会有很大改变
通常是常规方式将配体对接进去，然后在显式水下跑分子动力学，到时候水该去哪自然去哪

作者
Author: SiqiLee 时间: 2023-11-7 09:16
对接前的受体结构中是否有先验的水分子？如果没有的话没必要做水合吧？

作者
Author: Polar666 时间: 2023-11-21 10:08
要么先做普通对接，然后跑动力学模拟，要么先查文献或跑动力学模拟，看看哪些水分子在口袋里结合，并考察一下稳定性，以此来保留进行水合Docking

作者
Author: 郑素娟 时间: 2023-11-30 15:29

sobereva 发表于 2023-11-7 06:33
我不认为这种对接能有什么意义，本身结合过程中水的朝向、位置都会有很大改变
通常是常规方式将配体对接 ...

好的好的，谢谢！

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