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标题: 求助GROMACS安装后测试简单水盒子速度太慢 [打印本页]

作者
Author: lishen123 时间: 2023-11-2 19:52
标题: 求助GROMACS安装后测试简单水盒子速度太慢
本帖最后由 lishen123 于 2023-11-9 21:05 编辑

新手安装好GROMACS后，按照sob老师的最简单的水盒子的常温常压模拟测试，发现一天只能跑9ns。服务器是CPU72核的。附近是log文件，请教老师安装的时候哪里出了问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:47
起码上传个mdp和结构文件

作者
Author: lishen123 时间: 2023-11-3 09:20

sobereva 发表于 2023-11-3 03:47
起码上传个mdp和结构文件

老师，已经上传了，麻烦老师帮忙看看。

作者
Author: RandomError 时间: 2023-11-3 11:09
你这看上去，是用单核跑的……肯定会慢的吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 04:54
上传输入的mdp，别上传臃肿的mdout.mdp
貌似你开了GB，不慢才怪

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