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标题: IL-CO2体系的RDF图有点怪 [打印本页]

作者
Author: qjy111 时间: 2023-11-2 21:25
标题: IL-CO2体系的RDF图有点怪
本帖最后由 qjy111 于 2023-11-2 21:26 编辑

最近做IL-CO2体系的MD模拟有点困绕，所以想问一下大家。离子液体采用的力场是全原子力场，CO2使用的是sob老师的EPM2模型，结构文件是采用packmol生成。没有进行拉伸盒子让CO2形成真空区，就把CO2当初普通物质看待。因此也没有DispCorr = no.在能量最小化和nvt，npt后，做出来的RDF很怪。如下图是阳离子-CO2，阴离子-CO2的质心RDF。因此我尝试更换CO2力场，但是能量最小化出现警告
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 04:00
贴体系截图

如果是CO2溶在IL里，整个盒子都是液态，那DispCorr = no是没必要。如果是气-液状态，需要DispCorr = no

作者
Author: qjy111 时间: 2023-11-3 15:42

sobereva 发表于 2023-11-3 04:00
贴体系截图

如果是CO2溶在IL里，整个盒子都是液态，那DispCorr = no是没必要。如果是气-液状态，需要 ...

sob老师，我研究的是CO2溶在IL里，体系截图是这个嘛，sobl老师，我想问一下我的npt文件哪里有问题嘛
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 05:12

qjy111 发表于 2023-11-3 15:42
sob老师，我研究的是CO2溶在IL里，体系截图是这个嘛，sobl老师，我想问一下我的npt文件哪里有问题嘛

...

mdp没明显问题
rdf就说明阳离子的原子跟CO2没有什么特别的亲合性。
IL离子的原子数很多，不同原子特征差异很大，你也可以只以IL离子的特定原子作为参考组来计算rdf试图挖掘额外的与CO2相互作用的信息。

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-11-9 08:49
请问一下质心RDF应该如何做，我只会分析位点与位点之间的RDF,可以解释一下吗?感谢！

作者
Author: qjy111 时间: 2023-11-15 20:53

马天湉发表于 2023-11-9 08:49
请问一下质心RDF应该如何做，我只会分析位点与位点之间的RDF,可以解释一下吗?感谢！

使用rdf命令，gmx rdf -f npt2.xtc -n index.ndx -o vv.xvg，如果使用其他文件用-h查询

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