计算化学公社

标题: 求助关于含离子模拟的拓扑文件生成问题 [打印本页]

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Author: upccr 时间: 2023-11-2 23:11
标题: 求助关于含离子模拟的拓扑文件生成问题
要模拟含盐离子的体系时，用LigParGen生成拓扑文件时，出现报错提示，Found residue ligand O该如何解决。
具体的建模流程：Gaussview建模，Gaussian优化，将.out文件保存为.pdb文件，放入LigParGen中生成，就出现问题了，
请问这个流程中哪里需要进行改进。
（新手实在不太了解含盐离子模拟过程，之前在不含盐离子的体系中用这个流程成功实现了模拟，所以现在出问题感觉就是盐离子的建模出现了纰漏）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:03
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 04:03
说具体什么含盐离子。

如果不是有极特殊理由非得用OPLS-AA力场的话，强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件

作者
Author: upccr 时间: 2023-11-8 13:03

sobereva 发表于 2023-11-3 04:03
说具体什么含盐离子。

如果不是有极特殊理由非得用OPLS-AA力场的话，强烈建议用sobtop（http://sobereva ...

是阴离子聚丙烯酰胺的一个单体，模拟它与沥青质在油水界面上的关系，请问老师通常这种体系用什么力场，之前oplsaa感觉算的也并不准确

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 15:14

upccr 发表于 2023-11-8 13:03
是阴离子聚丙烯酰胺的一个单体，模拟它与沥青质在油水界面上的关系，请问老师通常这种体系用什么力场，之 ...

GAFF

作者
Author: upccr 时间: 2023-11-9 17:08
本帖最后由 upccr 于 2023-11-9 17:18 编辑

sobereva 发表于 2023-11-8 15:14
GAFF

请问老师GAFF力场在top文件中怎么include，直接将#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"替换为#include "GAFF.itp"吗（GAFF.itp来自老师做的Sobtop的文件包），而且itp文件中前面的[ atomtypes ]要放到哪里，之前按教程是放在ffnonbonded文件的后面。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 17:40

upccr 发表于 2023-11-9 17:08
请问老师GAFF力场在top文件中怎么include，直接将#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"替换为#include "G ...

自行看sobtop产生的.top文件里是什么信息、形式便知。sobtop给的itp和top直接结合就能跑此分子的动力学

没必要非得#include "GAFF.itp"，top文件里[atomtypes]里把当前用的原子类型都定义就够了

PS：如果对拓扑文件的概念非常糊涂的话，gromacs根本没法用。最好系统完整学一遍，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都深入详细讲了

作者
Author: upccr 时间: 2023-11-9 19:43

sobereva 发表于 2023-11-9 17:40
自行看sobtop产生的.top文件里是什么信息、形式便知。sobtop给的itp和top直接结合就能跑此分子的动力学
...

感谢老师的建议，目前研一才接触分子动力学，基本上是用GROMACS进行机理证明，后面真有需要的话一定去参加老师的培训班

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-11-10 11:39

upccr 发表于 2023-11-9 19:43
感谢老师的建议，目前研一才接触分子动力学，基本上是用GROMACS进行机理证明，后面真有需要的话一定去参 ...

关于这个网站我试过用gview的pdb文件直接用来生成小分子itp基本上是一定会报错的，如果你的分子不太复杂的话可以试着自己去画一个分子，这样可以保证不出现这样的错误，至于这个错误的问题，可能是因为这个网站生成itp时只允许一个残基出现（当然我也不确定

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