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标题: cp2k aimd报错 Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ? [打印本页]

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Author: mercer 时间: 2023-11-3 00:59
标题: cp2k aimd报错 Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?
本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:18 编辑

出现这个报错后任务直接停止了。cp2k版本2023.1，是在本机编译，不是移植。计算是调用的48核amd cpu,内存256。multiwfn产生的inp,只改了几个print，DIIS算法 3000k 216si原子的恒温CSVR，timecon100，步长是1fs。初始结构是materials project的单晶si扩胞成216原子的，目的是生成非晶的。结果出现这个报错，大概跑了2800步出现的报错。在报错之前体系能量温度均没有出现波动，每步耗时也没有出现巨幅增加的情况。续跑了五百步再次出现这个报错。查阅runlog发现只有这一个warning，WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converged。我在Googlegroup并没有找到这个warning的相关信息，前面的matrix报错的信息有就是原因太多了，所以请问各位大佬这个warning和报错怎么解决。

作者
Author: mercer 时间: 2023-11-3 01:02
输入结构inp

作者
Author: mercer 时间: 2023-11-3 01:04
本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:30 编辑

runlog 20多m传不上来，只把开头截取下来上传了，end是报错前的十几步，收敛情况就不那么好了，开始有点震荡

作者
Author: mercer 时间: 2023-11-3 01:07
本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:54 编辑

目前调大了max_scf 换成CG收敛标准调成1e-4去跑了，想开smear开启不了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:17
不要盖楼，给别人阅读理解带来严重不便
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:18

mercer 发表于 2023-11-3 01:04
runlog 20多m传不上来，只把开头截取下来上传了，end是报错前的十几步，收敛情况就不那么好了，开始有点震 ...

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-3 03:21
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里模拟Si晶体升温导致熔化的AIMD的例子输入文件作为参考

(, 下载次数 Times of downloads: 100)

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Author: mercer 时间: 2023-11-3 10:20

sobereva 发表于 2023-11-3 03:21
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里模拟Si晶 ...

好的sob老师，前面的提的问题我会注意的

作者
Author: mercer 时间: 2023-11-3 18:51

sobereva 发表于 2023-11-3 03:21
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里模拟Si晶 ...

你好sob老师，我使用了您给的inp直接去算3000步，是没有WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converged。随后我又尝试把结构换成我自己的216Si原子去算,跑了1100步再次出现这个warning并且出现上述的matrix ill，再出现报错前，陆续出了十几个602warning然后温度和能量全部失控了，飙升到几万度。我重新跑2000步，又陆续出现了温度能量失控。我考虑到我自己的结构为了使生成的非晶与实验上的密度相符合，我在结构设置的时候把xyz方向边界分别加长了0.7A左右（17.0加到17.7），这是否是导致初始结构不合理然后难以收敛？现在已经重新使用原始边界去计算了（因为我之前在vasp这么干过，但是没有啥报错，所以前面忘记提这个了）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 04:58

mercer 发表于 2023-11-3 18:51
你好sob老师，我使用了您给的inp直接去算3000步，是没有WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converg ...

跟这个没必然关系
把你的结构移植到我的输入文件里，或者我的输入文件里的设置尽可能多移植到你的体系上，对比便知
如果查不出显著问题，减小步长再试

作者
Author: mercer 时间: 2023-11-5 12:05
本帖最后由 mercer 于 2023-11-5 12:56 编辑

sobereva 发表于 2023-11-4 04:58
跟这个没必然关系
把你的结构移植到我的输入文件里，或者我的输入文件里的设置尽可能多移植到你的体系上 ...

sob老师您好
1.我尝试用了您的inp,只改了结构依旧会出现问题，步长前300步正常的在6--8s,三百步后飙升到30-40s,一千步后再次提升变成100s左右一步。
2.我尝试按您的说法减少步长分别到0.5 0.2也均会出现上述问题。
3.我尝试关闭dftd3矫正，依旧出现上述问题
4.我尝试将初始结构换成碳化硅，没有上述问题。该初始结构同样来自mp扩胞得到的。
5.我咨询了一个之前做过Si cp2k的课题组（我也不确定他们说法的可靠性），他们也遇到过我提及的问题，他们给我的说法是cp2k做单晶Si的高温aimd就是有问题，可以用pm6或者xtb gfn2,我了解一下这两个发现一个精度可靠性一般一个会丢失周期性边界（我已经测试过pm6没有出现上述问题）
我的的问题是
1.使用了这两个基组退火生成非晶体，精度是否达到可用程度
2.前面使用了这俩某一个我后续的计算(非晶si的固液界面aimd)是否可以使用其他高精度方法例如pbe GTH。3.如果只能用这俩的话用哪一个比较好，还是换软件用lammps?
4.不知道sob老师有没有其他的建议，谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-5 12:58

mercer 发表于 2023-11-5 12:05
sob老师您好
1.我尝试用了您的inp,只改了结构依旧会出现问题，步长前300步正常的在6--8s,三百步后飙升到 ...

原理上不存在CP2K在DFT级别下模拟Si的高温AIMD必定出问题
虽然也可以尝试GAPW结合pob-DZVP-rev2基组
我不知道你说的两个基组是什么，PM6和GFN-xTB都是理论方法名

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