计算化学公社

标题: Gaussian计算时遇到String too long in BldStC.问题怎么解决? [打印本页]

作者
Author:
wsc    时间: 2023-11-3 09:31
标题: Gaussian计算时遇到String too long in BldStC.问题怎么解决?
老师好,Gaussian 计算式遇到String too long in BldStC.问题该怎么解决呀?
Entering Link 1 = E:\software\G09W\l1.exe PID=      3824.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2011,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.

The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492


---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------


Cite this work as:
Gaussian 09, Revision C.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevC.01 23-Sep-2011
                03-Nov-2023
******************************************
%chk=E:\Gaussian\Gelatin+Gly.chk
-------------------------------
# b3lyp/6-31g geom=connectivity
-------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Charge =  0 Multiplicity = 2
Symbolic Z-Matrix:
N                     9.45477  -7.13868   8.95864
C                     9.75381  -7.05095   10.39178
C                     8.99681  -5.75163   8.59336
H                     10.31831  -7.88675   10.749
H                     8.86568  -6.97564   10.9839
C                     10.53142  -5.71639   10.40007
C                     9.42252  -4.89993   9.81518
H                     7.93853  -5.64646   8.47821
C                     9.67838  -5.31901   7.26457
H                     11.40149  -5.7519    9.77827
H                     10.84543  -5.38646   11.36835
H                     9.6412   -3.88135   9.57049
H                     8.64032  -4.91331   10.54497
O                     9.93559  -4.09587   7.1184
N                     10.04644  -6.22894   6.15454
H                     10.80657  -5.81506   5.65453
C                     8.89469  -6.40693   5.25034
C                     8.32583  -5.02815   4.86748
H                     9.1979   -6.92289   4.36349
H                     8.16642  -6.99013   5.75229
O                     9.08783  -4.02893   4.80308
String too long in BldStC.
Error termination via Lnk1e in E:\software\G09W\l101.exe at Fri Nov 03 07:49:48 2023.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


作者
Author:
snljty2    时间: 2023-11-3 09:58
附件上传完整输入文件方便大家判断,不过在那之前,6-31G这种不加极化函数的基组做实际计算是没有意义的,看卢老师博文谈谈量子化学中基组的选择
作者
Author:
wsc    时间: 2023-11-3 11:26
这是输入文件
%chk=E:\Gaussian\Gelatin+Gly.chk
# b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Gelatin+Gly

0 2
N                  9.45477057   -7.13868216    8.95864047
C                  9.75380770   -7.05094644   10.39177804
C                  8.99681093   -5.75162712    8.59335849
H                 10.31830509   -7.88675204   10.74900281
H                  8.86567904   -6.97563973   10.98390372
C                 10.53142207   -5.71638652   10.40006649
C                  9.42252153   -4.89993077    9.81517889
H                  7.93853437   -5.64646298    8.47820989
C                  9.67838083   -5.31900951    7.26457268
H                 11.40149353   -5.75189961    9.77827294
H                 10.84542533   -5.38645661   11.36835430
H                  9.64119543   -3.88135049    9.57048729
H                  8.64032364   -4.91331063   10.54497257
O                  9.93558697   -4.09587446    7.11840306
N                 10.04644217   -6.22894442    6.15454349
H                 10.80657397   -5.81505967    5.65452928
C                  8.89469378   -6.40692707    5.25033810
C                  8.32583211   -5.02815358    4.86747736
H                  9.19790155   -6.92289013    4.36349372
H                  8.16641559   -6.99012589    5.75228944
O                  9.08783101   -4.02893169    4.80308494
?s                 7.35056708   -4.92691895    4.66973678
N                 11.85728702   -9.09128976    6.86532744
H                 12.66840769   -8.50638021    6.84459322
C                 10.65548087   -8.25731607    7.00908652
H                 10.59125215   -7.58319102    6.18031866
C                  9.39652760   -9.15193384    7.04940066
C                 10.72260727   -7.45737479    8.30982622
H                  9.31663739   -9.68575911    6.12564975
H                  9.46737056   -9.84903927    7.85816995
C                  8.15009077   -8.26068689    7.25003780
O                 11.82222810   -7.09514001    8.80239537
N                  7.50063210   -7.93593192    8.51831546
C                  7.49701773   -7.64607245    6.24648877
H                  7.78172532   -8.25712980    9.42273059
C                  6.46734882   -7.13620828    8.25614964
N                  6.40665690   -6.91928243    6.93192124
H                  7.10878267   -8.34924372    5.53960954
H                  5.79496646   -6.73161330    8.98325816
H                  5.72409427   -6.34823793    6.47597897
?s                11.92040585   -9.72151991    7.63873792
C                 -1.54955677  -10.98417260    1.76458682
C                 -0.02257592  -11.17806384    1.83929535
C                  0.57105671  -10.15703538    2.82234134
O                 -1.83798086   -9.65809454    1.31479939
O                  0.54997948  -10.97712887    0.54658691
O                  0.27800459   -8.83476284    2.36471273
H                 -1.45503905   -9.52598715    0.44398385
H                  0.36404628  -10.08401267    0.24633598
H                  0.64286830   -8.19496882    2.97922373
H                 -1.96502677  -11.69416813    1.08007596
H                 -1.97578895  -11.13279233    2.73498016
H                  0.19474393  -12.17016293    2.17548165
H                  0.14259616  -10.30226515    3.78996580
H                  1.63204025  -10.28837793    2.87815812

1 2 1.0 3 1.0 28 1.0
2 4 1.0 5 1.0 6 1.0
3 7 1.0 8 1.0 9 1.0
4
5
6 7 1.0 10 1.0 11 1.0
7 12 1.0 13 1.0
8
9 14 2.0 15 1.0
10
11
12
13
14
15 16 1.0 17 1.0
16
17 18 1.0 19 1.0 20 1.0
18 21 2.0 22 1.0
19
20 34 1.0
21
22
23 24 1.0 25 1.0 41 1.0
24
25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
26
27 29 1.0 30 1.0 31 1.0
28 32 2.0
29
30
31 33 1.0 34 2.0
32
33 35 1.0 36 1.5
34 37 1.0 38 1.0
35
36 37 1.5 39 1.0
37 40 1.0
38
39
40
41
42 45 1.0 43 1.0 51 1.0 52 1.0
43 46 1.0 44 1.0 53 1.0
44 47 1.0 54 1.0 55 1.0
45 48 1.0
46 49 1.0
47 50 1.0
48
49
50
51
52
53
54
55


作者
Author:
zjxitcc    时间: 2023-11-3 11:52
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-11-3 11:56 编辑

(1)结构:恐怕你是用ChemDraw和Chem3D构建的结构,然后另存为gjf文件。你这里面有写孤对电子没有删掉,符号是?s,这个Gaussian不认识。
(2)基组:急需立即阅读《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
(3)色散校正:急需立即阅读《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》http://sobereva.com/413
(4)关键词:geom=conn和坐标底下的连接关系对DFT计算没有用,建议删去。
(5)电荷和自旋多重度:你在算有机体系,当前电荷为中性,自旋多重度为2,也就是说这是个自由基,你最好要清楚自己在算什么、要算什么。
(6)发帖:对于较长的文件,应该压缩后上传文件,而非偷懒将内容复制粘贴到帖子里,造成帖子冗长。
作者
Author:
wsc    时间: 2023-11-3 21:44
好的谢谢





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3