计算化学公社

标题: 求助：能量最小化过程 the forces have not converged to the requested precision [打印本页]

作者
Author: sim 时间: 2023-11-3 12:07
标题: 求助：能量最小化过程 the forces have not converged to the requested precision
本帖最后由 sim 于 2023-11-3 15:54 编辑

求助，非常感谢解答！情况如下：

1. 对羧甲基纤维素锂进行MD模拟，能量最小化步骤出错，the forces have not converged to the requested precision，某些原子的Maximum force极大（10的5~6次方）。VMD查看.gro文件，发现能量最小化mdrun后，会出现原子重叠、原子解离跑远等结构破坏现象。

2. 考虑到后续MD，羧甲基纤维素重复单元多的情况下，量化计算量太大，所以目前采用的是最烂的基组对5个单元进行的opt+freq（HF，3-21）。请教：不知道采用的基组太烂，计算出的chg、bond等信息是否会造成能量最小化时结构破坏？

3. 对于em.mdp文件，由于刚学习gromcs不久，具体的参数设置理解的不深，不能从mdp文件分析结构破坏的原因，此文件还请麻烦重点指教。（mdp文件为了和对应的另一个体系保持一致，自己也没有多调整，另外一个体系由于分子结构不复杂，5000ps的模拟没有出现问题）。

4. 对于羧甲基纤维素锂，采用过羧甲基纤维素（负电荷）+锂离子的组合，进行相同条件下的能量最小化mdrun，也出现相同问题。自己这边根据论坛的一些帖子的指导，对羧甲基纤维素结构尝试过调整基团位置、尝试过双精度版能量最小化mdrun、简单修改em.mdp文件的emtol和emstep、integrator，结果都在能量最小化步骤失败。

现在怀疑自己处理后的分子结构和em.mdp文件搭配不合理，请大神指正，谢谢！
采用的各个文件如附件。(itp、top文件根据fchk文件基于sobtop得到，电荷chg根据fchk文件基于Multiwfn得到后填入itp文件)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 09:28
1 那种问题大概率是成键参数太烂，或者拓扑文件格式写错，或者结构和拓扑文件不对应之类导致，http://sobereva.com/soft/Sobtop里该说的都说了

2 HF/3-21G这种垃圾组合宁可不算。羧甲基纤维素直接用GAFF参数就完了，这方面根本不需要做什么计算。如果是算重复单元的原子电荷，取三个重复单元，半经验如PM6D3或GFN-xTB做结构优化，B3LYP/6-311G**算单点得到波函数文件、用Multiwfn算RESP电荷总不至于算不动

3 你那种现象基本都不是mdp的问题

普通有机体系没事甭自己基于Hessian算力常数！！！！！！！！！！！！！！！又浪费时间又自找麻烦！！！！！！！！！！！！！！！！！http://sobereva.com/soft/Sobtop已经说得再清楚不过了，还都粗体字高亮了：

注：绝对不要以为什么时候都得像本例这样提供含有Hessian的文件并让Sobtop计算力常数。如果你要对普通有机体系产生拓扑文件，应该效仿的是例2直接用GAFF的参数，那是最省事的。老有人只看了本例，居然连例2都不看就去胡搞。也记得把FAQ10和FAQ11看了，搞清楚什么时候才有必要基于Hessian算力常数。

作者
Author: sim 时间: 2023-11-4 10:18

sobereva 发表于 2023-11-4 09:28
1 那种问题大概率是成键参数太烂，或者拓扑文件格式写错，或者结构和拓扑文件不对应之类导致，http://sober ...

非常感谢社长指教，谢谢！我重新理一下思路，修正下相关文件。

作者
Author: sim 时间: 2023-11-4 11:28
本帖最后由 sim 于 2023-11-4 11:29 编辑

后续总结：
1. 经过修正文件后验证，主要问题出在itp文件的获取。前期由于考虑一致性，对有机小分子也采用Hessian的文件计算力常数，导致能量最小化失败。修正后基于sobtop采用（2+4）GAFF加自动指认、立场库取合适参数缺失的猜，能量最小化步正常。我的问题主要出在itp文件获取方式不对。

2. 基组的选择对电荷chg的获取有本质影响。不采用Hessian的文件计算力常数，本质不会影响后续itp文件的获取。同时经过验证，不同基组算的chg不会影响MD能不能进行下去，会影响最终结果的精确度（有条件的情况下还是基组采用的好一些）。

最后感谢社长的指正，谢谢！

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