计算化学公社

标题: 求教cp2k中纯冰的基组和泛函选择 [打印本页]

作者
Author: Qianli 时间: 2023-11-3 13:38
标题: 求教cp2k中纯冰的基组和泛函选择
各位老师好，我打算计算一下冰Ih中5-7环缺陷的形成势垒，主要涉及氢键的伸缩、断裂和结合过程，
求教TZV2P-MOLOPT-GTH-q1，GTH-PBE的组合是否合适。

另外我预估的计算过程为：
1. 计算完美晶体的能量来确定CUTOFF和REL_CUTOFF。
2. 粗略地跑ci_neb来确定过渡态结构。
3. 跑dimer确定势垒。

不知上述是否有什么错误，或者使用Multiwfn给出的in文件时有什么计算冰需要特殊考虑的地方？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-4 09:22
合适。但如果你用一些杂化泛函，用给PBE0专门搞的赝势基组和赝势可能会稍微更理想一些。

没什么问题
如果嫌计算量大的话，CI-NEB、dimer过程可以降低基组档次最多到DZVP-MOLOPT-GTH，算能量时再用那个

冰没什么特殊的

作者
Author: Qianli 时间: 2023-11-4 22:01

sobereva 发表于 2023-11-4 09:22
合适。但如果你用一些杂化泛函，用给PBE0专门搞的赝势基组和赝势可能会稍微更理想一些。

没什么问题

感谢社长。有一点没有理解，请问您说算能量时再用TZV2P是指，用DZVP计算dimer给出结构作为过渡态结构吗？这样给出的结构难道不就与全程使用TZV2P跑dimer给出的结构不一致吗，这样算能量有意义吗？
另外还请问您，假若想算的结构较大，达到1000个原子，可以采用DZVP甚至更低精度的基组吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-5 11:55

Qianli 发表于 2023-11-4 22:01
感谢社长。有一点没有理解，请问您说算能量时再用TZV2P是指，用DZVP计算dimer给出结构作为过渡态结构吗？ ...

跟下文同理
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

基组选择问题，看下文Q11，少一个条件都没法回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: Qianli 时间: 2023-11-5 20:25

sobereva 发表于 2023-11-5 11:55
跟下文同理
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.co ...

谢谢社长，其实我就是想算冰中较大的缺陷的一系列形成势垒，理想情况下得2-300个水分子大小的模型跑10个左右dimer。但在TZV2P下计算资源都应该不够，所以想知道从学界惯例或者审稿人的角度上，对这样的大尺度模型选用基组可不可以放宽标准，可以放宽到哪一步。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-6 05:41

Qianli 发表于 2023-11-5 20:25
谢谢社长，其实我就是想算冰中较大的缺陷的一系列形成势垒，理想情况下得2-300个水分子大小的模型跑10个 ...

可接受的基组和体系大小没必然关系
不代表对大体系就能容忍个烂结果（除非真的是确实没有其它办法解决）
对于CP2K，算1000原子体系的单点能用TZV2P（或更便宜的TZVP）-MOLOPT-GTH在像样双路服务器下不是难事

作者
Author: Qianli 时间: 2023-11-6 08:43

sobereva 发表于 2023-11-6 05:41
可接受的基组和体系大小没必然关系
不代表对大体系就能容忍个烂结果（除非真的是确实没有其它办法解决） ...

好的，谢谢您。其实主要是dimer比较慢吧，单点能确实可以算得动。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 06:17

Qianli 发表于 2023-11-6 08:43
好的，谢谢您。其实主要是dimer比较慢吧，单点能确实可以算得动。

是

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