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标题: 定量分析弱相互作用大小，重组能与振动模式的关系 [打印本页]

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-9-21 09:39
标题: 定量分析弱相互作用大小，重组能与振动模式的关系
各位老师，我又两个问题想咨询一下
问题一：我之前通过Multiwfn对分子内弱相互作用进行了可视化分析，现在我想比较弱相互作用的大小，最好是数值上能体现这个值的大小以便可以得到它与重组能的关系。
问题二：我通过freq=intmodes 计算了各个振动模式，每个振动模式下的特征可以得到，因为振动和振动能级间的弛豫有关，也就是说和重组能是有直接关系的，那我怎样通过这3N-6个振动模式得到和重组能的关系呢？
谢谢各位老师指点！
、

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析，看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将重组能分解成正则模式的贡献
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-9-21 17:16

sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析，看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

谢谢老师，我去研究下

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-9-29 14:53

sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析，看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

老师，我尝试了用dushin分解重组能，可能是我在做频率分析时用的是Freq=savenm 这个关键词，出现了 can not find scf energy ,这个问题,因为激发态的频率计算相当费时，我想问一下这个问题怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-29 15:17

三石草祭发表于 2016-9-29 14:53
老师，我尝试了用dushin分解重组能，可能是我在做频率分析时用的是Freq=savenm 这个关键词，出现了 can n ...

搞不清你的情况
你先把基态振动分析用dushin程序做重组能分解的操作搞熟，然后再弄激发态的。也许dushin对激发态振动分析的重组能分解需要额外改改程序，我没试过。

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-9-29 15:25

sobereva 发表于 2016-9-29 15:17
搞不清你的情况
你先把基态振动分析用dushin程序做重组能分解的操作搞熟，然后再弄激发态的。也许dushin ...

嗯嗯，谢谢老师的耐心回复

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-10-16 18:06

sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析，看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

sob老师，我做了AIM分析，我的分子是有面面堆积的，我认为有pi-pi弱相互作用在里面，通过看临界点，我发现在两个苯环间有两天临界点，这条临界点在这是不是描述的Pi-pi,我看老师的博文上说（3，-1）是描述的弱相互作用，且在两个原子之间，但pi-pi 不是在两个原子之间的吧，这个地方比较迷惑C:\Users\cailei\Desktop

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-16 18:27

三石草祭发表于 2016-10-16 18:06
sob老师，我做了AIM分析，我的分子是有面面堆积的，我认为有pi-pi弱相互作用在里面，通过看临界点，我发 ...

pi-pi堆积用RDG分析比AIM明显好得多，看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

AIM对pi-pi很不好描述

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-10-16 18:55

sobereva 发表于 2016-10-16 18:27
pi-pi堆积用RDG分析比AIM明显好得多，看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

谢谢sob老师，我之前用RDG的方法分析，已经确定这个分子都存在pi-pi弱相互作用了，现在我想数值分析一下，比较下两个分子内的pi-pi作用大小

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