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标题: IGMH等值面图可以分析较弱的静电相互作用吗？ [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-11-5 22:38
标题: IGMH等值面图可以分析较弱的静电相互作用吗？
如果IGMH得到了完全绿色的等值面，即原子之间的静电相互作用未达到弱键的程度，但原子有不为零的电荷，在解释绿色等值面的时候只说范德华相互作用吗？大规模分子动力学模拟得到的LJ相互作用能和Coul相互作用能与IGMH等值面的关系是什么呢？原子间虽然没有形成弱键，但相比于LJ相互作用能，得到了较大的Coul相互作用能，这种Coul相互作用能是否表现在了IGMH绿色等值面中呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-6 05:54
等值面绿色仅仅直接说明那部分区域是电子密度较低的地方，并不意味着跨越那个区域原子间必定没有显著的静电相互作用。可以结合EDA-FF、sobEDA等能量分解（或者基于gromacs
能量组提取的组间静电相互作用能）来说明静电作用具体起到的贡献

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-11-6 08:50

sobereva 发表于 2023-11-6 05:54
等值面绿色仅仅直接说明那部分区域是电子密度较低的地方，并不意味着跨越那个区域原子间必定没有显著的静电 ...

感谢老师解答！

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-11-7 21:43
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-11-7 22:29 编辑

sobereva 发表于 2023-11-6 05:54
等值面绿色仅仅直接说明那部分区域是电子密度较低的地方，并不意味着跨越那个区域原子间必定没有显著的静电 ...

对IGMH等值面结合AIM拓扑分析发现一些都带负电的分子间的氧原子和氧原子之间形成键径
(, 下载次数 Times of downloads: 32) ，
而gromacs得到的静电相互作用能表明分子间氧与氧之间存在较大的静电排斥作用能。这是不是因为IGMH等值面是从优化后的结果中得到，优化后的分子间氧氧距离较近，色散吸引作用较强，起主导作用，静电排斥较弱。而gromacs的MD模拟得到的较大静电排斥作用能是因为分子间氧氧之间处于非平衡状态，大部分分子间氧氧之间距离较远所以静电相互作用起主导。请问可以这样理解吗？带相同电荷的分子间氧原子与氧原子之间形成AIM键径，而且键径还有较大弯曲，这正常吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 12:12

Wenchuan 发表于 2023-11-7 21:43
对IGMH等值面结合AIM拓扑分析发现一些都带负电的分子间的氧原子和氧原子之间形成键径
，
而gromacs得到 ...

不要太把键径当回事，本来就是从数学角度定义的，并非总具备化学意义、值得去讨论和解释。而且对于大面积的弱相互作用，诸如pi-pi堆积，离散的键径更是给不出什么有显著价值的信息

拿IGMH等值面说事就完了，从常识上就能判断这主要是范德华作用，以及一定程度的静电互斥作用

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-11-8 14:59

sobereva 发表于 2023-11-8 12:12
不要太把键径当回事，本来就是从数学角度定义的，并非总具备化学意义、值得去讨论和解释。而且对于大面积 ...

谢谢老师的解答！

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