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标题: 如何使用VMD统计REAXFF模拟轨迹过程中的键数目变化 [打印本页]

作者
Author: 梁梁 时间: 2023-11-6 08:58
标题: 如何使用VMD统计REAXFF模拟轨迹过程中的键数目变化
现想请教各位，如何使用VMD软件统计REAXFF模拟轨迹过程中的C-O、C-C键数目变化，请问是否有相关的脚本？

作者
Author: lyj714 时间: 2023-11-6 12:45
自己学vmd，学tcl写一个。一般自然没现成的给你

作者
Author: 梁梁 时间: 2023-11-6 19:44

lyj714 发表于 2023-11-6 12:45
自己学vmd，学tcl写一个。一般自然没现成的给你

谢谢您的回答，就是因为自己是纯小白，所以才寻求帖子帮助，模仿tcl脚本如何去写

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 09:17
这种脚本需要有较多VMD脚本编写知识，三两句话说不清楚，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有全面详细的VMD tcl脚本编写介绍和海量例子。

不自己写脚本的话，也有一些现成的reaxFF分析工具可用，诸如ChemTraYzer、RMD_Digging，或许有的能给直接给你这种信息（虽然我没实际试过）

作者
Author: wjybit 时间: 2023-11-7 12:08
lammps输出bond文件，写个python程序统计键数量也可以

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