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标题: 建立盒子后分子位置变化如何调整？ [打印本页]

作者
Author: L228870573 时间: 2023-11-6 11:06
标题: 建立盒子后分子位置变化如何调整？
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图1是一个MOF结构，因为周期对称性，在这个视角下最外层的原子和内层发生重合，能很容易看清楚这个结构。

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图2是用Packmol建立盒子后的效果，两边分别是离子，中间的MOF结构明显发生了偏移，导致与图1相同视角下的差异，最外层和内层的原子没有重合，看起来很模糊，使整个结构看起来混乱。

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图3是将绕x轴旋转2度后的效果，可以看到中间MOF的外层原子和内层原子再次重合，能清楚看清其结构。请问怎样能在图2视角下实现图3中MOF结构重合的效果？因为图3虽然能通过旋转实现，但是上下的方框却不是重合的，看起来很突兀。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 08:30
不要自己在帖子标题里写【vmd】这种标签，给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 10:01
说清楚是怎么用packmol产生的体系
如果中间部分插入时设置了约束不允许自动旋转，不应当有这个问题

作者
Author: L228870573 时间: 2023-11-7 10:45

sobereva 发表于 2023-11-7 10:01
说清楚是怎么用packmol产生的体系
如果中间部分插入时设置了约束不允许自动旋转，不应当有这个问题

谢谢老师提醒，使用packmol建立体系的inp文件如图所示
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 10:51

L228870573 发表于 2023-11-7 10:45
谢谢老师提醒，使用packmol建立体系的inp文件如图所示

按下文说的，给插入zif8的部分加入constrain_rotation设置，要求不能旋转
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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