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标题: pdb2gmx获得拓扑文件后，双层膜中水消失 [打印本页]

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-11-6 11:59
标题: pdb2gmx获得拓扑文件后，双层膜中水消失
如题，是在做多肽和膜的反应。在gromacs使用pdb2gmx命令获得拓扑文件后，处理后的文件使用vmd打开后，双层脂质膜中间的水消失了，但是单独看代码水还在，请教一下是什么情况呢？下图一为未处理前，图二是处理后
并且使用vmd打开时，会一直提示我有Unusual bond between residues，是因为有断键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 09:13
把结构文件压缩后上传

“单独看代码”所谓的代码指代不明

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