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标题: 如果要在蛋白溶液中添加多个阳离子，可以用gmx genion命令来实现嘛？或是要用其他命令 [打印本页]

作者
Author: maojunlong 时间: 2023-11-6 15:52
标题: 如果要在蛋白溶液中添加多个阳离子，可以用gmx genion命令来实现嘛？或是要用其他命令
各位老师好，我想在溶液体系中添加两个不同的阳离子。运用gmx genion的时候，输入“gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -np 368 -pname Na -np 340 -pname K -nn 670 -nname Cl”，会提示“Error in user input:
Invalid command-line options
In command-line option -np
Option specified multiple times
In command-line option -pname
Option specified multiple times”。为此，我用两次gmx genion命令，先后添加Na和K离子，发现topol.top文件中[ molecules ]里是包含不同离子的内容。但是观察输出的solv_ions.gro文件中，只有我第二次输入genion命令加入的离子，即还是只能加一种离子。
因此，想问各位老师，我该怎么解决这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 08:47
应该是你看gro文件的时候看错了。genion会让你选替换的组，你选SOL组，不可能把你之前加入的离子给替换掉

作者
Author: maojunlong 时间: 2023-11-7 12:36
好的，谢谢sob老师，我好像是其中一个文件搞错了，谢谢提醒

作者
Author: Starrymoon 时间: 2025-2-19 09:50
你好，genion命令需要tpr文件，我用了两次这个命令只能替换成一种阳离子，请问你是如何实现替换两种阳离子的呢？生成两次tpr文件吗？

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