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标题: gromacs新手请教一下关于添加离子和添加溶剂的问题 [打印本页]

作者
Author: BlinBlin 时间: 2023-11-6 19:54
标题: gromacs新手请教一下关于添加离子和添加溶剂的问题
本帖最后由 BlinBlin 于 2023-11-7 10:34 编辑

问题1：
请教各位老师，输入指令后，提示这些警告，请问该如何处理。
HA16_GMX.top是使用AmberTools中GLYCAM_06j-1生成的，然后用acpype转成了GROMACS格式的文件。
NOTE1和6个WARNING不知道该如何解决；
NOTE3是不是要将coulombtype = cutoff 改为coulombtype = PME？
NOTE2后面要平衡电荷。
相关文件附在附件里了。

Command line:
  gmx grompp -f ions.mdp -c complexbox_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'

NOTE 1 [file ions.mdp]:
  With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10, with GPUs >= 20. Note
  that with the Verlet scheme, nstlist has no effect on the accuracy of
  your simulation.

Setting the LD random seed to -778749182

WARNING 1 [file topol.top, line 13]:
  Overriding atomtype H2

WARNING 2 [file topol.top, line 15]:
  Overriding atomtype H1

WARNING 3 [file topol.top, line 17]:
  Overriding atomtype H

WARNING 4 [file topol.top, line 18]:
  Overriding atomtype C

WARNING 5 [file topol.top, line 19]:
  Overriding atomtype O

WARNING 6 [file topol.top, line 21]:
  Overriding atomtype O2

Generated 2556 of the 2556 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 2556 of the 2556 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_B'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'HA16'
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'

NOTE 2 [file topol.top, line 55]:
  System has non-zero total charge: -13.000000
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Analysing residue names:
There are: 150 Protein residues
There are: 17    Other residues
There are: 31937    Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 199578.00

NOTE 3 [file ions.mdp]:
  You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts.
  You might want to consider using PME electrostatics.

This run will generate roughly 8 Mb of data

There were 3 notes

There were 6 warnings

问题2：

在看文献时看到文中处理蛋白的水和添加溶剂的水都是tip3p。
然后我在运行gmx solvate -cp complex_box.gro -cs tip3p.gro -o complexbox_solv.gro -p topol.top时提示：
Library file 'tip3p.gro' not found in current dir nor in the default directories.
然后我把溶剂水模型换成了spc216.gro，这样会影响结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 08:45
加抗衡离子
原子类型被重复定义了，自行检查拓扑文件
周期性凝聚相体系若无特殊情况一律用PME

不管你用什么三点水模型的拓扑文件，用gmx solvate加水的时候一律用spc216.gro

作者
Author: BlinBlin 时间: 2023-11-7 10:33

sobereva 发表于 2023-11-7 08:45
加抗衡离子
原子类型被重复定义了，自行检查拓扑文件
周期性凝聚相体系若无特殊情况一律用PME

感谢sob老师。
请问被重复定义的原子类型，直接在拓扑文件中删去就行吗，可以用-maxwarn将它们忽略吗

作者
Author: 夜猫 时间: 2023-11-7 14:29

BlinBlin 发表于 2023-11-7 10:33
感谢sob老师。
请问被重复定义的原子类型，直接在拓扑文件中删去就行吗，可以用-maxwarn将它们忽略吗

不可以忽略，因为你重复定义的不一定只是简单重复也可能是参数都不一样。

作者
Author: BlinBlin 时间: 2023-11-7 15:36

夜猫发表于 2023-11-7 14:29
不可以忽略，因为你重复定义的不一定只是简单重复也可能是参数都不一样。

请问该如何解决呢
如果是简单重复，是将重复的删去就行吗
如果参数不一样该怎么办呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 10:49

BlinBlin 发表于 2023-11-7 15:36
请问该如何解决呢
如果是简单重复，是将重复的删去就行吗
如果参数不一样该怎么办呢

每次定义的都一样可以忽略warning
不一样时程序会以最后一次为准，弄清楚参数哪来的、为什么不一样，自己判断该用哪个，多余的删掉

作者
Author: BlinBlin 时间: 2023-11-8 13:04

sobereva 发表于 2023-11-8 10:49
每次定义的都一样可以忽略warning
不一样时程序会以最后一次为准，弄清楚参数哪来的、为什么不一样，自 ...

好的好的，感谢sob老师！

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